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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 各位大神知道如何用vmd计算氢键吗？
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Myprayert

木虫 (正式写手)

[求助] 各位大神知道如何用vmd计算氢键吗？

用vmd导入data文件 输出的氢键是空白：
Parameters used in the calculation of hydrogen bonds:
- Atomselection 1: name 1
- Update selections every frame: yes
- Initial frame: 0
- Frame step: 1
- Final frame: 0
- Donor-Acceptor distance: 3.5
- Angle cutoff: 30
- Type: all
- Write a file with H bond/frame data: yes
- Filename: hbonds.dat
- Details output file: hbonds-details.dat

Printing frame/hbond data to file... Done.
Warning) multiplot: Data vector empty, ignoring plot!


请问大佬们这个问题怎么解决  十分感谢
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1楼 2019-10-13 18:11:15
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cuso4852cuoh

新虫 (小有名气)
楼主，请问您解决了吗？
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2楼2019-10-16 08:42:27
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Myprayert

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cuso4852cuoh at 2019-10-16 08:42:27
楼主，请问您解决了吗？

没 愁死了
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3楼2019-10-22 16:56:33
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Lzw@

新虫 (初入文坛)
解决了吗？我也遇到求氢键的问题了。

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
4楼2019-11-14 10:29:23
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pl915

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
5楼2020-01-02 11:16:08
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pl970

禁虫 (小有名气)
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6楼2020-01-03 14:25:14
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pl852

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7楼2020-01-04 16:29:00
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pl942

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8楼2020-01-08 10:46:05
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pl994

禁虫 (小有名气)
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9楼2020-01-09 14:43:11
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