应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 综合其他 » 如何由晶体的CIF文件生成PDB Summary Validation Report
81/1返回列表
查看: 2682  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

croninszl

铁杆木虫 (职业作家)

★★★★★★★★★★★

[求助] 如何由晶体的CIF文件生成PDB Summary Validation Report 已有1人参与

求助：如何由晶体的CIF文件生成PDB Summary Validation Report

投稿某期刊时要求提交晶体的PDB Summary Validation Report (designated with a Confidential watermark) ：When reporting crystal structures, authors must submit the annotated PDB Summary Validation Report (designated with a Confidential watermark) to xxxxxx at the time of submission.


在网上查了好久，查到如下相关的说明信息：

https://www.wwpdb.org/validation/validation-reports


如下是可以提交晶体文件并生成PDB Summary Validation Report的网站：

https://validate-rcsb-1.wwpdb.org/


但由于自己对晶体相关的信息不了解，看了好久也基本看不懂。

所以在此希望能寻求大牛的帮忙：如何从一个已经获得的晶体的CIF文件生成一个PDB Summary Validation Report。

如能顺利解决问题，金币数还可以追加。十分感谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2019-10-04 17:09:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

croninszl

铁杆木虫 (职业作家)
2楼2019-10-05 21:44:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

croninszl

铁杆木虫 (职业作家)
3楼2019-10-07 13:12:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

croninszl

铁杆木虫 (职业作家)
4楼2019-10-08 22:01:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

croninszl

铁杆木虫 (职业作家)
5楼2019-10-10 11:16:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

3DNA

铁虫 (初入文坛)
请问问题解决了吗，我也遇到同样的问题
赞一下 回复此楼
6楼2021-02-03 12:25:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

文言文

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

以下是从高手们那里综合整理的，用1或者2应该都可以
1.下载一个Discovery Studio软件，这个软件打开cif另存为PDB
2.在ins里加一行wpdb，然后运行shelxl,然后shelxl会生成一个pdb文件，然后你自己去validation
有一个网站叫worldwide protein data bank，可以提供这个validation，网址:wwPDB.org
注:
应该和iucr的checkcif流程类似。
pdb 检查的更全面，更注重结构本身，比如H健，扭转角度等。没有硬性的标准导致的alert。虽然对小分子结构也没什么大用

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2021-02-03 13:56:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

15735654874

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 3DNA at 2021-02-03 12:25:30
请问问题解决了吗，我也遇到同样的问题

我也不会
回复此楼
其实我不是槟榔树一条心的人，不过我真的很喜欢她。。。
8楼2022-01-07 14:48:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 croninszl 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +3 雨打竹帘 2026-08-30 3/150 2026-08-30 09:43 by KNIGHT2011
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-30 07:05 by ZPa0EcMwuECS
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 06:43 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 06:22 by ZPa0EcMwuECS
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 06:10 by ZPa0EcMwuECS
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-30 05:51 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 11/550 2026-08-30 05:40 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 01:36 by ZPa0EcMwuECS
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-30 01:03 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-30 00:52 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +5 德尚中行 2026-08-27 6/300 2026-08-29 18:10 by manplx
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭