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croninszl铁杆木虫 (职业作家)
★★★★★★★★★★★
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[求助]
如何由晶体的CIF文件生成PDB Summary Validation Report已有1人参与
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求助：如何由晶体的CIF文件生成PDB Summary Validation Report 投稿某期刊时要求提交晶体的PDB Summary Validation Report (designated with a Confidential watermark) ：When reporting crystal structures, authors must submit the annotated PDB Summary Validation Report (designated with a Confidential watermark) to xxxxxx at the time of submission. 在网上查了好久，查到如下相关的说明信息： https://www.wwpdb.org/validation/validation-reports 如下是可以提交晶体文件并生成PDB Summary Validation Report的网站： https://validate-rcsb-1.wwpdb.org/ 但由于自己对晶体相关的信息不了解，看了好久也基本看不懂。 所以在此希望能寻求大牛的帮忙：如何从一个已经获得的晶体的CIF文件生成一个PDB Summary Validation Report。 如能顺利解决问题，金币数还可以追加。十分感谢！ |
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2楼2019-10-05 21:44:36
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3楼2019-10-07 13:12:44
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4楼2019-10-08 22:01:01
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5楼2019-10-10 11:16:21
6楼2021-02-03 12:25:30
文言文
铁杆木虫 (著名写手)
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【答案】应助回帖
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以下是从高手们那里综合整理的，用1或者2应该都可以 1.下载一个Discovery Studio软件，这个软件打开cif另存为PDB 2.在ins里加一行wpdb，然后运行shelxl,然后shelxl会生成一个pdb文件，然后你自己去validation 有一个网站叫worldwide protein data bank，可以提供这个validation，网址:wwPDB.org 注: 应该和iucr的checkcif流程类似。 pdb 检查的更全面，更注重结构本身，比如H健，扭转角度等。没有硬性的标准导致的alert。虽然对小分子结构也没什么大用 发自小木虫Android客户端 |
7楼2021-02-03 13:56:36
15735654874
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8楼2022-01-07 14:48:23