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投票标题: 分子动力学模拟最普及的软件, 谁是MD里的Gaussian? (多选)

  • AMBER
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  • Discovery Studio
    13 (1.5%)
  • DL_POLY
    3 (0.4%)
  • GROMACS
    162 (19.3%)
  • GROMOS
    22 (2.6%)
  • LAMMPS
    363 (43.2%)
  • Materials Studio
    159 (18.9%)
  • NAMD + VMD
    29 (3.5%)
  • 其它
    6 (0.7%)
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tiechong

金虫 (著名写手)

[交流] 分子动力学模拟最普及的软件, 谁是MD里的Gaussian? 已有8人参与

分子动力学模拟最普及的软件, 谁是MD里的Gaussian?
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1楼 2019-09-25 15:38:21
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tiechong

金虫 (著名写手)
Lammps遥遥领先
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2楼2019-10-08 11:47:52
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三岁薇恩

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
借个楼 请问MS读入VMD输出的pdb文件 出现如下提示

“The document could not be imported:
Failed to import document from E:\3-Thermal conductivity calculation of GNR\10nm-4.2nm-AGNR\10-4.2-AGNR.pdb.
- Unable to set the chosen unphysical cell parameters”

该如何解决..
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3楼2019-11-12 16:38:08
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pl981

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
4楼2020-01-02 14:14:07
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pl910

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
5楼2020-01-03 15:51:18
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pl957

禁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
6楼2020-01-06 11:40:05
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Z腾飞

新虫 (初入文坛)
LAMMPS
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7楼2020-08-08 21:51:18
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shabeir

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
从结果看，做材料方面模拟的虫友比较多啊
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8楼2022-04-08 17:26:46
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15923438923

新虫 (初入文坛)
lammps
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9楼2024-12-18 14:03:29
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万物生长1023

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 三岁薇恩 at 2019-11-12 16:38:08
借个楼 请问MS读入VMD输出的pdb文件 出现如下提示

“The document could not be imported:
Failed to import document from E:\3-Thermal conductivity calculation of GNR\10nm-4.2nm-AGNR\10-4.2-AGNR.pdb.
...

重新检查VMD导出坐标时的步骤，留意是否有关于Unit Cell的选项，尝试输入更常规的数值
赞一下 回复此楼
热爱专业
10楼2025-10-15 15:15:30
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