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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】最陡下降优化错误
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】最陡下降优化错误

在用gromacs进行最陡下降法优化时,出现如下错误,该如何调整修正?
Any information or suggesteion would be greatly appreaciated!

Step 13, time 0.026 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.004192, max 0.104158 (between atoms 7916 and 7915)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
   7935   7933   31.8    0.1413   0.1458      0.1390
   7934   7933   32.3    0.1416   0.1463      0.1390
   7940   7934   32.6    0.1422   0.1475      0.1390
   7922   7915   37.1    0.1473   0.1527      0.1390
   7916   7915   38.6    0.1478   0.1535      0.1390
   7936   7935   30.3    0.1410   0.1448      0.1390
   7937   7936   31.9    0.1419   0.1466      0.1390
   7940   7937   33.7    0.1428   0.1488      0.1390
   7917   7916   37.4    0.1468   0.1528      0.1390
   7920   7917   34.3    0.1443   0.1490      0.1390
   7921   7920   32.6    0.1430   0.1465      0.1390
   7922   7921   34.2    0.1448   0.1491      0.1390

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:54 ]
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
1楼 2009-06-04 10:09:12
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
自己顶一下.希望有人帮助解决一下
赞一下 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-06-05 09:00:47
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armeria

铁虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 6-6 08:16
把constraints里的lincs去掉，改成none，不知道会不会好一些？
赞一下(11人) 回复此楼
3楼2009-06-06 01:57:38
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insight1888

★
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 6-10 12:13
令constraints= h-bonds看看
赞一下(6人) 回复此楼
4楼2009-06-10 11:59:00
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shalene

至尊木虫 (著名写手)
★
gwdavid(金币+1,VIP+0):3q 6-10 22:50
步长改小试试
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5楼2009-06-10 22:12:22
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annkon

铜虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
erylingjet(金币+1,VIP+0):感谢交流! 8-18 16:34
初始结构没有优化好！另外，可改用shake算法试试！
赞一下(11人) 回复此楼
6楼2009-08-18 15:48:18
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