应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】最陡下降优化错误
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 563  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】最陡下降优化错误

在用gromacs进行最陡下降法优化时,出现如下错误,该如何调整修正?
Any information or suggesteion would be greatly appreaciated!

Step 13, time 0.026 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.004192, max 0.104158 (between atoms 7916 and 7915)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
   7935   7933   31.8    0.1413   0.1458      0.1390
   7934   7933   32.3    0.1416   0.1463      0.1390
   7940   7934   32.6    0.1422   0.1475      0.1390
   7922   7915   37.1    0.1473   0.1527      0.1390
   7916   7915   38.6    0.1478   0.1535      0.1390
   7936   7935   30.3    0.1410   0.1448      0.1390
   7937   7936   31.9    0.1419   0.1466      0.1390
   7940   7937   33.7    0.1428   0.1488      0.1390
   7917   7916   37.4    0.1468   0.1528      0.1390
   7920   7917   34.3    0.1443   0.1490      0.1390
   7921   7920   32.6    0.1430   0.1465      0.1390
   7922   7921   34.2    0.1448   0.1491      0.1390

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:54 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
1楼 2009-06-04 10:09:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
自己顶一下.希望有人帮助解决一下
赞一下 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-06-05 09:00:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

armeria

铁虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 6-6 08:16
把constraints里的lincs去掉，改成none，不知道会不会好一些？
赞一下(11人) 回复此楼
3楼2009-06-06 01:57:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

insight1888

★
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 6-10 12:13
令constraints= h-bonds看看
赞一下(6人) 回复此楼
4楼2009-06-10 11:59:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shalene

至尊木虫 (著名写手)
★
gwdavid(金币+1,VIP+0):3q 6-10 22:50
步长改小试试
回复此楼
5楼2009-06-10 22:12:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annkon

铜虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
erylingjet(金币+1,VIP+0):感谢交流! 8-18 16:34
初始结构没有优化好！另外，可改用shake算法试试！
赞一下(11人) 回复此楼
6楼2009-08-18 15:48:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gwdavid 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 328求调剂 +16 lftmya 2026-04-07 17/850 2026-04-08 18:45 by 环化材-小生
[考研] 0702物理学学硕299求调剂 +4 祁柒连 2026-04-06 4/200 2026-04-08 13:56 by wutongshun
[考研] 一志愿生物与医药，296分，求调剂 +14 66鹿 2026-04-03 16/800 2026-04-08 10:38 by tjzhao
[考研] 353求调剂 +6 晴空万里air 2026-04-07 6/300 2026-04-08 10:06 by 不吃魚的貓
[考博] 申博 +8 IQwQl 2026-04-04 8/400 2026-04-08 09:43 by 0608104024
[考研] 求调剂 +11 wwwwabcde 2026-04-07 11/550 2026-04-07 23:16 by JourneyLucky
[考研] 071000生物学，一志愿深圳大学296分，求调剂 +12 TIckLw 2026-04-06 13/650 2026-04-07 20:34 by lijunpoly
[考研] 生物学363调剂求助 +7 fanzhang6666 2026-04-06 9/450 2026-04-07 17:37 by lijunpoly
[考研] 085602调剂 初试总分335 +10 19123253302 2026-04-05 10/500 2026-04-07 15:23 by 小乔同学ya
[考研] 362求调剂一志愿中国石油大学 +4 我要考大 2026-04-06 6/300 2026-04-06 14:11 by 无际的草原
[考研] 一志愿河北工业大学材料工程，初试344求专硕调剂 +6 15933906766 2026-04-05 6/300 2026-04-06 13:21 by 无际的草原
[考研] 286求调剂 +3 草木不言 2026-04-04 3/150 2026-04-04 22:40 by lbsjt
[考研] 环境285分，过六级，求调剂 +10 xhr12 2026-04-02 10/500 2026-04-04 21:53 by bn53987
[考研] 22408，264求调剂 +3 ywh729 2026-04-03 4/200 2026-04-04 11:04 by ywh729
[考研] 材料295 +13 小英11 2026-04-03 14/700 2026-04-04 09:02 by 来看流星雨10
[考研] 一志愿双非085502，267分，过四级求调剂 +3 再忙也要吃饭啊 2026-04-03 3/150 2026-04-04 05:03 by gswylq
[考研] 295求调剂 +3 尚偌呀 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:23 by zhq0425
[考研] 求调剂 +8 akdhjs 2026-04-03 8/400 2026-04-03 18:17 by 戴维ING
[考研] 求调剂 +7 Aniyaio 2026-04-02 7/350 2026-04-02 16:42 by zzsw+
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +9 双马尾痞老板2 2026-04-01 9/450 2026-04-02 12:14 by oooqiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭