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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】关于protein folding, ligand-protein binding。
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jerryking

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】关于protein folding, ligand-protein binding。

在模拟版块做动力学方面，看到好多虫子
研究protein folding, ligand-protein binding
以及 docking， 好像国外这方面好多课题组在开展
有点小热

请问国内现在发展怎么样？
大家是怎么认为这个研究方向的？

大家不妨聊聊，谈谈自己的看法，我就随手丢几个金币了。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:36 ]
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1楼2009-06-03 13:39:46
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蒋晓龙

木虫 (著名写手)
lei0736(金币+0,VIP+0):请勿复制别人的评论 12-31 09:29
对接软件近几年来发展遭遇瓶颈
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菜问
12楼2009-12-30 22:33:52
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+8,VIP+0):谢谢 6-3 17:19
jerryking(金币+5,VIP+0):谢谢啦 请问这前途怎么样呢？ 6-4 00:38
Docking有些过时了，只是一种常规手段而已。
MM/GB(PB)SA等等PostDocking的分析，也进行得差不多了。

Folding，也没什么好办法。

不如看看这些吧：

膜电压作用下离子通道打开的分子机制
Portability of paddle motif function and pharmacology in voltage sensors. Nature. 2007. 450:370-375

依赖于电压的离子通道响应于膜电压的变化而打开，但发生这一过程的分子机制却不清楚。由MacKinnon及其同事在2003年所做的先驱性工作表明，该过程涉及一种类脂暴露的“桨”状结构的运动，但这种运动的性质仍然存在争议。

在两篇互补性文章的第一篇中，Alabi等人通过证明这种“桨”状结构的功能在移植进关系较远的通道中时被忠实保留下来的事实，说明了这种结构特征的重要性。这项工作还强调了膜内这一结构的移动性

Long等人描述了被由类脂排列成的一个类似于双层的体系所包围的一个被改变了的Kv1.2钾通道的高分辨率结构。“桨”状结构中的临界正电荷被类脂和蛋白相互作用所稳定，这说明了该“ 桨”状结构可能会以某种方式响应于电压的变化而运动，将该通道孔打开。

细菌表面关键酵素PBP1b蛋白质结构
Crystal structure of the membrane-bound bifunctional transglycosylase PBP1b from Escherichia coli. PNAS. May 19, 2009, doi: 10.1073/pnas.0904030106
http://www.pnas.org/content/early/2009/05/19/0904030106.abstract

台湾中央研究院基因体研究中心翁启惠院士与助理研究员马?夭┦亢献鳎诿拦铱蒲г涸嚎疨NAS上发表文章，首次破解细菌表面关键酵素PBP1b的完整蛋白质立体结构。

从第一代抗生素盘尼西林开始，至今证实能够有效杀死细菌的抗生素超过1000多种，而临床常见使用约有150多种之多。盘尼西林杀死细菌的机制是抑制细菌细胞壁的合成，通过抑制细菌的酵素发挥作用，但长期使用抗生素会导致细菌产生耐药性。究竟抗生素针对细菌的哪个区域发挥作用？细菌耐药性发生在哪个区域？种种难题都没有解答。马?夭┦坑胛唐艋菰菏亢献鳎�5年，首次全面破解PBP1b的立体结构。

PBP1b是一个大的酵素蛋白，它包含4个重要的区域；TG、TM、TP以及UB2H。TG区域会利用一个叫lipidⅡ的糖脂物质，像是编织机一样，不断地生成细胞壁，这一过程发生在细菌繁殖的阶段，直到细胞分裂完成。这些研究成果，对指导抗生素药物设计具有重要意义。

鲨鱼直肠腺的钠-钾ATP酶的晶体结构
Crystal structure of the sodium–potassium pump at 2.4 Å resolution. Nature. 2009. 459:446-450

钠-钾ATP酶是一种由ATP提供动力的离子泵，能为钠离子和钾离子在动物细胞的胞质膜上形成浓度梯度。钠离子被从细胞中输出，同时钾离子被输入细胞中，产生用于很多重要生物过程、如神经细胞的动作电位的浓度梯度。

鲨鱼直肠腺与人的直肠腺有高度的同源性。这种蛋白的晶体结构已被以2.4埃的分辨率确定。
该结构可帮助澄清关于这种蛋白作用机制的很多细节。此外，治疗心脏病的强心苷就是一种钠-钾泵的抑制剂。鲨鱼直肠腺的钠-钾ATP酶的蛋白质晶体结构信息还将有助于对心脏病的认识和治疗。

首次发现癌症细胞膜蛋白结构
Structure of P-Glycoprotein Reveals a Molecular Basis for Poly-Specific Drug Binding. Science,2009. 323(5922):1718-1722

评价：
首次发现癌症细胞膜蛋白结构
- 细胞膜运转蛋白的作用机理
- 多药抗药性领域突破性贡献

据世界卫生组织估计，全世界60%的医源性感染患者是由于抗生素耐药细菌引起的。细菌耐药的方式之一就是利用细胞膜上的大蛋白，使抗生素无法进入细胞内发挥作用。但是，了解膜蛋白结构一直是一个世界性难题。
这篇论文给出了3个PDB结构：3G5U, 3G60, 3G61。
此外，还有一篇相关的论文，2007年发在PNAS上了（PNAS是开放下载的）：
Flexibility in the ABC transporter MsbA: Alternating access with a twist. Proc. Natl. Acad. Sci. 2007，104:19005-19010
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2楼2009-06-03 14:39:07
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jerryking

木虫 (正式写手)
老汉果然是很强大说 也很好的说

顺便问问 ligand-protein binding 呢？

我也觉得docking 太不准了 太粗了


另外 你例举的都是相当前沿的研究结果啊。。。。
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3楼2009-06-03 15:10:34
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recoli

金虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 6-3 17:19
老汉太牛了，膜拜一下

一篇机理三篇结构，是不是意味着已经有很多模拟计算跟上了呢？
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4楼2009-06-03 15:31:12
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