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jerryking

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】关于protein folding, ligand-protein binding。

在模拟版块做动力学方面,看到好多虫子
研究protein folding, ligand-protein binding
以及 docking, 好像国外这方面好多课题组在开展
有点小热

请问国内现在发展怎么样?
大家是怎么认为这个研究方向的?

大家不妨聊聊,谈谈自己的看法,我就随手丢几个金币了。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:36 ]
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+8,VIP+0):谢谢 6-3 17:19
jerryking(金币+5,VIP+0):谢谢啦 请问这前途怎么样呢? 6-4 00:38
Docking??Щ?????????????????ζ????
MM/GB(PB)SA???PostDocking???????????еò??????

Folding???????????

???翴????Щ???

??????????????????????????
Portability of paddle motif function and pharmacology in voltage sensors. Nature. 2007. 450:370-375

????????????????????????????仯???????????????????????????????????MacKinnon?????????2003????????????????????????ù????漰???????????????????????????????????????????????????顣

????????????????????У?Alabi??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????

Long???????????????????г??????????????????????Χ?????????????Kv1.2?????????????????????????е??????????????????????????????????????á? ????????????????????????????仯??????????????????

?????????????PBP1b???????
Crystal structure of the membrane-bound bifunctional transglycosylase PBP1b from Escherichia coli. PNAS. May 19, 2009, doi: 10.1073/pnas.0904030106
http://www.pnas.org/content/early/2009/05/19/0904030106.abstract

????????о?????????о????????????????????о??????????????????????????????PNAS?????????????????????????????PBP1b???????????????????

???????????????????????????????????Ч????????????????1000????????????????????150??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????н????????????????????????????5???????????PBP1b?????????

PBP1b?????????????????????4???????????TG??TM??TP???UB2H??TG??????????????lipid????????????????????????????????????????????????????????????Σ?????????????ɡ???Щ?о????????????????????????????????塣

????????????-??ATP???????
Crystal structure of the sodium?Cpotassium pump at 2.4 Å resolution. Nature. 2009. 459:446-450

??-??ATP????????ATP??????????????????????????????????????????????γ????????????????????????????????????????????У????????????????????????????????????λ?????????

????????????????????и?????????????????????????2.4?????????????
???????????????????????????????????????????????????????????????-???????????????????????-??ATP??????????????????????????????????????????

??η??????????????
Structure of P-Glycoprotein Reveals a Molecular Basis for Poly-Specific Drug Binding. Science,2009. 323(5922):1718-1722

?????
??η??????????????
- ???????????????????
- ????????????????????

???????????????????????60%??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????á????????????????????????????????
????????????3??PDB????3G5U, 3G60, 3G61??
???????????????????2007????PNAS?????PNAS?????????????
Flexibility in the ABC transporter MsbA: Alternating access with a twist. Proc. Natl. Acad. Sci. 2007??104:19005-19010
2楼2009-06-03 14:39:07
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jerryking

木虫 (正式写手)

老汉果然是很强大说 也很好的说

顺便问问 ligand-protein binding 呢?

我也觉得docking 太不准了 太粗了


另外 你例举的都是相当前沿的研究结果啊。。。。
3楼2009-06-03 15:10:34
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recoli

金虫 (正式写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 6-3 17:19
老汉太牛了,膜拜一下

一篇机理三篇结构,是不是意味着已经有很多模拟计算跟上了呢?
4楼2009-06-03 15:31:12
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jerryking

木虫 (正式写手)

人气啊
5楼2009-06-04 00:38:31
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weifadong

银虫 (小有名气)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-31 09:28
惨了,我不懂这些居然还做这个,真是麻烦
6楼2009-06-04 09:42:02
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yangcao

金虫 (小有名气)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-31 09:28
恩 研究这个还是比较有前途的
7楼2009-06-07 10:52:37
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jerryking(金币+5,VIP+0):谢谢版主啊。。。版主 你们也发文章吧。。。档次怎样啊? 6-7 17:37
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-31 09:28
靶点不断地被解析,被解析出来的靶点做做docking和postdocking还是很有意义的
所谓的药物发现,总得靠这些方法来发现和设计吧.
不过对接软件近几年来发展遭遇瓶颈,该突破一下了
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
8楼2009-06-07 17:33:02
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长


yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 6-7 17:43
难哪,发不了高水平的文章.
除非自己有原创方面的突破
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
9楼2009-06-07 17:41:58
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

你也做对接吗?呵呵干这个硕士还好混,博士就比较难了
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
10楼2009-06-07 17:44:01
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