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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 动植物无参考基因组遗传谱图的构建
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chunfengxiyu

新虫 (正式写手)

[交流] 动植物无参考基因组遗传谱图的构建

请教一下做GWAS，遗传进化的同学们，如果做了一批植物的上百个样本的全基因组测序，但是这个植物的参考基因组只组装到了scaffold水平，想构建遗传图谱的话，怎样进行操作呢。首先需要组装，然后call SNP，然后得到的vcf文件有很多scaffold，怎样进行cluster 得到主要的连锁图谱呢？
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1楼 2019-09-14 22:40:00
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syhorchid2楼
2019-09-15 00:55   回复  
chunfengxiyu(金币+1): 谢谢参与
nijingxuan3楼
2019-09-15 09:19   回复  
chunfengxiyu(金币+1): 谢谢参与
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xqyqwy4楼
2019-09-15 10:03   回复  
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nono20095楼
2019-09-15 14:40   回复  
chunfengxiyu(金币+1): 谢谢参与
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miaojiabing6楼
2019-09-16 08:58   回复  
chunfengxiyu(金币+1): 谢谢参与
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