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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » 【其他】征集本版成功求助贴
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zhangyunli

金虫 (正式写手)
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[求助贴链接]（必填项）
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1314921&fpage=17
[求助的问题]（必填项）【求助】编译mpich出错！

各位牛人，我是初学者，编译vasp单机并行版，用的是ifort，mpich-1.2.5.2，ifort已经编好了，但在编mpich时出现问题，我的步骤是：在mpich-1.2.5.2下
a）./configure  b)make  c)到root用户下make install，这时出现问题：
[root@powerleader2 mpich-1.2.5.2]# make install
if [ "" = "" ] ; then \
            ./bin/mpiinstall  ; \
        else \
            ./bin/mpiinstall -prefix=  ; \
        fi
cp: `/home/fyu/mpich-1.2.5.2/bin/tarch' and `/home/fyu/mpich-1.2.5.2/bin/tarch' are the same file
**Error copying file /home/fyu/mpich-1.2.5.2/bin/tarch to /home/fyu/mpich-1.2.5.2/bin/tarch **
make: *** [install] Error 1
请问是什么问题，谢谢您的解答，对我很重要！

[求助问题的归类]（必填项）MPI编译
[问题的正确答案]（必填项）2楼：
建议重新 configure一下设置好安装目录
export FC=ifort
export F77=ifort
export CC=icc
export CXX=icc (?写错了没有有点忘记了，自己看帮助)
如果没有intel 的C/C++编译器就省三四行。
./configure --prefix=/ 填写目录
然后再make
make install
3楼：
cp: `/home/fyu/mpich-1.2.5.2/bin/tarch' and `/home/fyu/mpich-1.2.5.2/bin/tarch' are the same file

你看一下这个出错说明
5楼：谢谢你的回答，这个问题已经解决了，也没发现时什么问题，又重新安装了一遍就过去了，现在有个另外的问题，在最后测试mpi时，过不去
[root@powerleader2 basic]# make cpi
/home/fyu/mpich-1.2.5.2/bin/mpicc   -c cpi.c
/home/fyu/mpich-1.2.5.2/bin/mpicc  -o cpi cpi.o -lm
[root@powerleader2 basic]# cd /home/fyu/mpich-1.2.5.2/bin/
[root@powerleader2 bin]# mpirun -np 4 cpi
mpdrun_powerleader2: cannot connect to local mpd (/tmp/mpd2.console_root); possible causes:
  1. no mpd is running on this host
  2. an mpd is running but was started without a "console" (-n option)
请问是怎么回事？
6楼：运行”mpd &“就好了
打开mpd来管理并行任务，这个是mpich的默认管理程序。
7楼：需要先在自己主目录下写一个.mpd.conf
内容：

secretword=mr45-j9z

然后设置文件属性
chmod 600 .mpd.conf

然后再照LS说的
nohup mpd&

mpirun -np N XXX

[你认为正确的答案]（可选项）

[ Last edited by zhangyunli on 2009-6-2 at 17:54 ]
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31楼2009-06-02 17:53:04
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
占个位置
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32楼2009-06-02 20:52:58
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liuxiaocunde

铁杆木虫 (著名写手)

古德里安将军
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MS-【同位素】

请问有哪位高手能详细指点一下，在MS中怎样计算同位素的相关性质啊？我找了许久，都不知道如何更改元素，得到同位素。

选中相关的元素，在左下角的 properties中选着composition，弹出对话框Edit mixture atom选中你要改的元素，再选着 edit，在弹出的对话框中第二行Isotope,就是你要找的修改同位素的选项。
也可以在properties中Mass number修改
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新征途
33楼2009-06-03 19:15:51
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liuxiaocunde

铁杆木虫 (著名写手)

古德里安将军
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http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=994509

大家看下可能是什么原因让我的能带图呈现出来这个样子？我是用castep计算的是合金 （能带不连续，出现空白）

K 点路径不对
没进行静态能量计算(选择energy这个task)。
一个原因是你优化结构后没有进行能量计算直接分析的能带图就是这样子，另一个是你计算能量后高对称点的路径设置的不连续：起始A----------终止B，起始B（和前面的终止点相同）-----------终止C 。。。。。。。，这样画出来才连续，不过要是默认还是这样不连续的话估计你是结构优化后没有进行能量计算直接分析得到的能带图
你物质结构定下来之后需要从新对定下来的结构进行一遍计算能带结构，而不是你在优化结构的时候附带选中能带画出来现在这样子的图
你先选中你计算的结构，然后再打开当时算这个结构的那个calculation，然后选中properties中选的band structure下面的more，打开里面k-point path里的具体设置，看是不是跟我说的路径那样是连续的？
还有一种可能是smearing width小了
你在view你的能带图的时候，没有选择对应的能带结构结果文件results file ：BandStr Castep，才出现的这种状况，我遇见过。你不妨试试
近似直线没有错误，可能是电子能级分布较密集，局域性太强所致，没有关系
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新征途
34楼2009-06-03 19:34:13
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liuxiaocunde

铁杆木虫 (著名写手)

古德里安将军
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MS-Dmol-【布局分析】

使用DMOL进行Mulliken population 分析，在进行分析时，用DMOL可以做到 得出原子的每个轨道上的电子数吗？比如对于团簇(NaCl)3 ，文献上得出
Cl1   3s   1.967
       2p   6.000
       3p   5.778
       3d   0.008
输出文件中没找到这个
我只知道castep能做到这种Mulliken population 分析每个轨道上的电子数
还请熟悉DMOL的达人指点一下下 呵呵

这个要在高版本的ms中才可以找到吧
试试4.3的吧
当然有了，算的时候选上性质里面的密立根电荷那一项即可，可以报出任何轨道上的电荷
在Mulliken analysis选项里面选择Orbital & charge就行了
结果会显示在outmol文件中Condensed population analysis里面
可以的，只不过它上面没有给标1s, 2s,2p的符号罢了，是用10，20，21等来代表1s, 2s,2p的，计算的时候要选population analysis
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新征途
35楼2009-06-03 19:51:04
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woshilsh

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
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wuli8(金币+0,VIP+0):就是你认为求助成功的帖子！按照格式贴到这里就ok了！ 6-3 22:05
wuli8(金币+1,VIP+0): 6-3 22:31
顶贴支持！

[ Last edited by wuli8 on 2009-6-3 at 22:04 ]
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[center][url=http://www.91cool.net/][img]http://id.91cool.net/sign/?name=小木虫印&say=各位版主辛苦了！[/img][/url][/center]
36楼2009-06-03 21:39:28
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
★
wuli8(金币+1,VIP+0):你认为求助成功的帖子！按照格式贴到这里就ok了！ 6-3 22:31
偶也占个位置先
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37楼2009-06-03 21:45:39
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mozhui

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wuli8(金币+5,VIP+0):感谢参与 6-4 11:52
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1329674
其他
静电相互作用能和电子的交换-关联能有什么区别？本人初学，两者我觉的都是库伦相互作用能，不知道是从哪个角度来区分的。谢谢

2楼：
密度函数理论中将实际的n个电子之间的库仑相互作用分解为两个部分：
1.电荷分布为￡的空间连续电荷的相互作用能
2.真实的电子之间的库仑作用与1中的能量差
其中第二部分即为通常所说的交换关联能，在用独立电子体系近似时交换关联能通常还包括了用独立电子系的总动能替换实际总动能所导致的偏差~
这么做的原因是一般情况下真实电子之间的库仑相互作用并不能写成电子密度的显函数
3楼：
交换能和关联能分开似乎是在hartree-fock单电子近似时才用的，在密度泛函理论中都是合在一起定义的
在hartree-fock近似下：
交换能是指在由电子的交换反对称性（此时的体系波函数为单电子波函数的slater行列式）引起的相对不考虑交换反对称性（此时波函数为单电子波函数的简单乘积）时的能量差
关联能则指由于一般情况下实际多体系统波函数不能分解为slater行列式，而我们采用slater行列式时所引入的偏差

都是本人回的，感觉差不多吧~
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38楼2009-06-04 11:48:08
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mozhui

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wuli8(金币+5,VIP+0):谢谢回帖 6-4 21:30
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1365608&fpage=1
其他
【求助】第一性是啥东东？
2楼：DFT密度泛函
3楼：上帝先创造男人，所以第一性是男人:-(

不过wuli8讲的不很全，HF也不是DFT，但也算是第一原理。第一原理就是说从基本的物理原理比如薛定谔方程出发，不加任何经验参数而算出体系的性质。
换句话说，分子动力学里面的势能一般用经验势，就不是第一原理了。
但是因为第一原理能做的事情有限，比如强关联体系就很难处理，所以会加一些经验的东西来拓展处理能力和应用领域。打个比方说，第一原理是男人，那些经验的东西就是伟哥。
5楼：
据我所知，第一性原理好像包括两个基本方程，一个是薛定谔方程，另一个是波松方程。
按照量子化学，传统第一性原理包括HF,POST-HF,MPn,CCSD,CASSCF等等，这是传统的量子化学方法，其中有些精度甚至高于DFT，比如CCSD(T)。
7楼：第一原理方法，就是不依赖于任何经验常数的方法。第一原理又叫第一性原理，指的是一些公理性的原理，以及一些硬性规定的法则或假设等。
量子化学的第一原理就是Schrödinger方程，以及量子力学的几个基本假设，除此之外，只需要几个基本的物理常数， 如电子质量、核电荷数（原子序号）、普郎克常数、玻耳兹曼常数、真空光速等，即可开展计算，演绎出物质的结构和各种物理性质。而具体的计算方法则有很多，如五楼所说。当然为了实现这些方法，也不可避免地有一些近似和假设。

大家说得都很好，综合起来就差不多了~
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39楼2009-06-04 13:24:26
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mozhui

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wuli8(金币+5,VIP+0): 6-4 21:29
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1359976&fpage=2

Vasp&MedeA

【求助】vasp作动力学用哪个系综？我想研究团簇在室温下的稳定性用哪个系综？要设那些关键词？ 谢谢 我用的SMASS=0 TEBEG=300 TEEND=300，可发现OSZICAR里面的温度是变化的，是什么原因阿？ 请教  
3楼：NVT
5楼：IBRION=0  
POTIM
SMASS
TEBEG=
TEEND=
6楼：SMASS 的值决定你的系综
8楼：温度波动是正常的，那是nose hoover热浴法的特点， 不过你要保证你的温度波动幅度较小，
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40楼2009-06-04 13:30:42
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