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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » 【其他】征集本版成功求助贴
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liuxiaocunde

铁杆木虫 (著名写手)

古德里安将军
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MS-
在文献上看到不少的电荷密度图及其分析、讨论，有点不明白：晶体内原子的坐标一般是XYZ构成，但在做二维的电荷密度图时，为何一般都在一个面上的投影上讨论，既便如此，通常的做法是在什么面上讨论和分析？比如象（0002）面上的电荷密度如何如何等，（0002）是面吗？四位坐标啊，疑惑，谢谢各位

(0002)是晶面，就是（002）晶面。电荷密度通常使某个面的投影，既然使投影，就是二维的。投影的面可以根据你的需要随意选择，主要选择的面要包含你想要解释和分析的原子。
一般分析的是局部某个原子周围或两个原子之间的电荷分布，因此在一个截面上讨论更清晰直观，三维等高线图没有必要，而且比较难画清楚。
不过在量子化学计算中还是有一些的三维图的，有的分子空间构型比较复杂，难以截出比较直观的面。

[ Last edited by liuxiaocunde on 2009-6-2 at 16:35 ]
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新征途
11楼2009-06-02 15:26:59
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liuxiaocunde

铁杆木虫 (著名写手)

古德里安将军
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MS-CASTEP
【光学】

在分析CASTEP计算的光学结果时，如何设置smearing和scissors参数值？
另外，分析得出的光学吸收普图的纵坐标单位是eV么，如何转换得到*10E7 m-1呢？
请高手指点啊！！！

我们在做光学计算的时候，smearing和scissors的值是根据实验结果来的。吸收谱的纵坐标好像只能是ev，你可以把数据导出，在origin里重新作图。
smearing一般设为0.5eV就可以了，剪刀差的值是实验值和计算值带边的差值，需要查找文献中的实验值
可以不转换，smearing和scissors在MS软件中有默认值，不过可以自己改动。
在分析的里边，ev选项下有下拉表，可以改成nm，或者m-1

[ Last edited by liuxiaocunde on 2009-6-2 at 16:00 ]
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12楼2009-06-02 15:44:43
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liuxiaocunde

铁杆木虫 (著名写手)

古德里安将军
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MS-CASTEP
【PDOS】

怎么利用MS画晶体中单个原子中的PDOS

计算property的时候选上PDOS，analysis的时候要选中你要画的原子，就可以画PDOS
是在你开始计算时，计算DOS时在下面勾上计算PDOS就OK了，这样结果中就有了
选中原子,在绘制dos图时选择pdos,然后根据情况选择s,p,d,f和full,view就可以了.
如果不选择原子,就是整个系统的pdos,当然这个首先要求你计算了pdos.
(有的回复比较重复，就不写了）

[ Last edited by liuxiaocunde on 2009-6-2 at 16:36 ]
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13楼2009-06-02 15:46:41
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yyx19840628
支持
14楼2009-06-02 15:50:04
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wuli8

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liuxiaocunde

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MS-Forcite

Forcite模块下，想分析体系的径向分布函数（RDF），如果不选择任何一个原子，分析后出现的曲线代表什么？我如果想分析水中的氧原子与氢原子的RDF，是不是就是选择水中的一个氧原子和氢原子，然后点击“分析”就可以了啊？
谢谢各位了。

径向分布函数通常指的是给定某个粒子的坐标，其他粒子在空间的分布几率（离给定粒子多远）。所以径向分布函数既可以用来研究物质的有序性，也可以用来描述电子的相关性。
粒子多数指的就是离子，即原子核位置
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16楼2009-06-02 16:06:35
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liuxiaocunde

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MS-CASTEP

我用castep  计算，选上spin polarized 后，计算过程是不是没有考虑到自旋轨道耦合作用啊？？另外，初始自旋是不是要设定为高自旋态，这样优化后的结果关于磁性的，才比较可信。请达人指点啊

ms里面不考虑自旋轨道耦合
给出的磁矩均为自旋磁矩
计算过程是不是没有考虑到自旋轨道耦合作用
我想优化和计算性质是分开的
在优化过程中是全电子当然考虑了轨道
在优化完成后，进行布局分析，这时候没有考虑轨道磁矩的影响
只考虑了自旋磁矩
关于初始自旋态的设定
不一定是选择高自旋态吧
要看哪个磁序最低
如果考虑旋轨耦合，建议使用wine2k，vasp
首选wine2k
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17楼2009-06-02 16:14:55
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liuxiaocunde

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古德里安将军
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MS-偶极矩

偶极矩分了好多的类型，我想问在castep和Dmol里面计算出来的偶极矩是不是电偶极矩？？

总的，不需要把它分开
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新征途
18楼2009-06-02 16:24:18
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liuxiaocunde

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古德里安将军
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MS-CASTEP【自由能】

想请教大家第一性原理能否用来计算化合物的吉布斯自由能，比如我要计算Ti3SiC2这个化合物的吉布斯自由能，请问什么软件比较适合计算化合物的吉布斯自由能？MS的 CASTEP可以吗？或者其他软件可以吗

好像只能算焓吧，算gibbs自由能需要自己找一个算熵的方法然后自己计算
你可以用Dmol中结构优化后计算频率，结果会输出热熔和熵随温度的变化的，不过你首先要把晶体结构变成P1，Dmol中help有一个教程你可以看看
计算声子谱晶格动力学后，
就可以分析热力学了
gibbs自由能可以通过核母核兹自由能推算出来
MS、ABINIT都可以只是方法不同
wien2K和VASP也可以，需要接一个分析的软件phonon等
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新征途
19楼2009-06-02 16:27:17
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元小雪

木虫 (职业作家)
学习了！！！
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无聊的博士
20楼2009-06-02 16:28:54
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