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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】模拟分子在室温下的稳定性用哪个系综？
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jghe

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】模拟分子在室温下的稳定性用哪个系综？

本人不懂分子动力学，想模拟分子在室温下的稳定性用哪个系综？应该注意什么？谢谢！

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-16 at 13:33 ]
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1楼 2009-06-01 09:35:24
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 6-1 10:21
NPT系综 ： 恒温恒压

只是恒温的话就用 ：NVT，（正则系综）
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
2楼2009-06-01 09:58:06
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):3Q！ 6-1 11:11
一本都是NPT。但你与平衡的时候先跑几nm的NVT。等温度与压力恒定了再跑ＮＰＴ
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
3楼2009-06-01 10:38:59
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 6-1 13:45
NVE，NTV,NTP都行，一般是做NTP体系，不过你最好都做一下比较比较。
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4楼2009-06-01 11:11:02
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jghe

金虫 (著名写手)
谢谢各位的热心回答，我用VASP作，具体怎么设置能讲一下吗？我看文献上说在300k 作动力学，测试体系的稳定性，应该用哪一个，NTV,NTP？
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5楼2009-06-01 11:44:00
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 6-1 14:38
我已经说的很清楚了啊，你做NVT几纳秒，然后再做NTP。要先预平衡一下的吧。你体系的总能量也要先最小化
赞一下(11人) 回复此楼
人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
6楼2009-06-01 14:18:07
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jghe

金虫 (著名写手)
谢谢！
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7楼2009-06-01 17:13:51
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