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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助，做分子对接时配体是否都需要预先能量最小化吗？
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zmcwangyang

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 求助，做分子对接时配体是否都需要预先能量最小化吗？

求助，做分子对接时化合物结构是通过scifinder、pubchem等化合物下载的，导入ADT处理时有部分配体出现如图所示的问题，网上找的解决方法是通过Chem3D能量最小化，方法是可以的，有一个疑问，另外一部分没出问题的化合物需要能量最小化再去对接吗？
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1楼 2019-08-07 18:26:38
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
★
zmcwangyang(金币+1): 谢谢参与
大虾，图呢

发自小木虫Android客户端
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4楼2019-08-08 08:19:18
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zmcwangyang

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by longdlut at 2019-08-08 08:19:18
大虾，图呢

图总是上传不了，想请问分子对接前配体是否一定要能量最小化处理
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6楼2019-08-08 16:14:18
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carrystar

木虫 (正式写手)
★
zmcwangyang(金币+1): 谢谢参与
能量最小化后，可以为对接时的构象搜索设置一个起点

发自小木虫Android客户端
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8楼2019-08-12 08:43:08
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jieenpeixi

禁虫 (初入文坛)
★
zmcwangyang(金币+1): 谢谢参与
本帖内容被屏蔽
10楼2019-09-29 22:35:37
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一代米哟

新虫 (小有名气)
★
zmcwangyang(金币+1): 谢谢参与
配体分子在对接前都要先做能量最小化处理，以免出现键长键角不合理的情况。可以百度搜索【准备化合物结构】小工具教程看一下。
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11楼2021-12-03 11:00:40
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chenhuanlong

禁虫 (文学泰斗)
本帖内容被屏蔽
12楼2021-12-03 19:31:06
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简单回复
tzynew2楼
2019-08-07 21:55   回复  
zmcwangyang(金币+1): 谢谢参与
miaojiabing3楼
2019-08-08 08:18   回复  
zmcwangyang(金币+1): 谢谢参与
zmcwangyang5楼
2019-08-08 16:11   回复  
引用回帖:
4楼: Originally posted by longdlut at 2019-08-08 08:19:18 大虾，图呢

图
nono20097楼
2019-08-11 23:19   回复  
zmcwangyang(金币+1): 谢谢参与
·
梦の国度9楼
2019-08-12 16:24   回复  
zmcwangyang(金币+1): 谢谢参与
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