应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助，做分子对接时配体是否都需要预先能量最小化吗？
121/1返回列表
查看: 2386  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zmcwangyang

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 求助，做分子对接时配体是否都需要预先能量最小化吗？

求助，做分子对接时化合物结构是通过scifinder、pubchem等化合物下载的，导入ADT处理时有部分配体出现如图所示的问题，网上找的解决方法是通过Chem3D能量最小化，方法是可以的，有一个疑问，另外一部分没出问题的化合物需要能量最小化再去对接吗？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2019-08-07 18:26:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
★
zmcwangyang(金币+1): 谢谢参与
大虾，图呢

发自小木虫Android客户端
回复此楼
4楼2019-08-08 08:19:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmcwangyang

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by longdlut at 2019-08-08 08:19:18
大虾，图呢

图总是上传不了，想请问分子对接前配体是否一定要能量最小化处理
赞一下 回复此楼
6楼2019-08-08 16:14:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

carrystar

木虫 (正式写手)
★
zmcwangyang(金币+1): 谢谢参与
能量最小化后，可以为对接时的构象搜索设置一个起点

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
8楼2019-08-12 08:43:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jieenpeixi

禁虫 (初入文坛)
★
zmcwangyang(金币+1): 谢谢参与
本帖内容被屏蔽
10楼2019-09-29 22:35:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一代米哟

新虫 (小有名气)
★
zmcwangyang(金币+1): 谢谢参与
配体分子在对接前都要先做能量最小化处理，以免出现键长键角不合理的情况。可以百度搜索【准备化合物结构】小工具教程看一下。
赞一下 回复此楼
11楼2021-12-03 11:00:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenhuanlong

禁虫 (文学泰斗)
本帖内容被屏蔽
12楼2021-12-03 19:31:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
tzynew2楼
2019-08-07 21:55   回复  
zmcwangyang(金币+1): 谢谢参与
miaojiabing3楼
2019-08-08 08:18   回复  
zmcwangyang(金币+1): 谢谢参与
zmcwangyang5楼
2019-08-08 16:11   回复  
引用回帖:
4楼: Originally posted by longdlut at 2019-08-08 08:19:18 大虾，图呢

图
nono20097楼
2019-08-11 23:19   回复  
zmcwangyang(金币+1): 谢谢参与
·
梦の国度9楼
2019-08-12 16:24   回复  
zmcwangyang(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 zmcwangyang 的主题更新
121/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料270求调剂 6+4 Eiiiio 2026-03-01 8/400 2026-03-03 07:58 by 无际的草原
[考研] 289求调剂 +4 BrightLL 2026-03-02 5/250 2026-03-03 07:40 by 利好利好.
[考研] 课题组接收材料类调剂研究生 +5 gaoxiaoniuma 2026-02-28 7/350 2026-03-03 07:35 by 关东煮爱喝汤
[考博] 26申博 +3 north， 2026-02-28 3/150 2026-03-03 07:30 by 馥安馥安
[考研] 324求调剂 +3 wxz2 2026-03-03 4/200 2026-03-03 07:29 by 利好利好.
[考研] 299求调剂 +4 kkcoco25 2026-03-02 7/350 2026-03-02 23:11 by kkcoco25
[考研] 298求调剂 +10 人间唯你是清欢 2026-02-28 14/700 2026-03-02 22:49 by 人间唯你是清欢
[考研] 0856材料调剂 +5 沿岸有贝壳OUC 2026-03-02 5/250 2026-03-02 20:31 by hypershenger
[考研] 环境调剂 +4 chenhanheng 2026-03-02 4/200 2026-03-02 20:23 by hypershenger
[考博] 博士自荐 +4 kkluvs 2026-02-28 5/250 2026-03-02 19:19 by 轻松不少随
[考研] 268求调剂 +3 好运连绵不绝 2026-03-02 3/150 2026-03-02 19:05 by zhukairuo
[考研] 284求调剂 +5 天下熯 2026-03-02 5/250 2026-03-02 18:38 by caszguilin
[考研] 303求调剂 +5 今夏不夏 2026-03-01 5/250 2026-03-02 15:01 by 向上的胖东
[考研] 江苏省农科院招调剂1名 +4 Qwertyuop 2026-03-01 4/200 2026-03-02 14:27 by 升格阿达
[考研] 一志愿郑大材料学硕298分，求调剂 +6 wsl111 2026-03-01 6/300 2026-03-02 11:00 by ydudjddnd
[考研] 264求调剂 +4 巴拉巴拉根556 2026-02-28 4/200 2026-03-02 10:48 by yuchj
[考研] 材料调剂 +6 爱擦汗的可乐冰 2026-02-28 7/350 2026-03-02 10:42 by Jy?
[考研] 274求调剂 +3 cgyzqwn 2026-03-01 7/350 2026-03-02 10:38 by lature00
[基金申请] 本子写完了，给DS兄弟看了，得了92分 +3 Doma 2026-03-01 7/350 2026-03-02 00:00 by jnzsy
[考研] 304求调剂 +3 52hz~~ 2026-02-28 5/250 2026-03-01 00:00 by 52hz~~
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭