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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » 260/280偏低直接做pcr可以吗？
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valennnnn

新虫 (初入文坛)

[求助] 260/280偏低直接做pcr可以吗？ 已有2人参与

用试剂盒提取的dna，几个样品测出来的浓度在50~80ng/μL这个区间，260/280都是1.5上下，感觉有蛋白污染。
如果只是用来直接用来p 16s问题大吗？

谢谢
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1楼 2019-08-01 18:47:40
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choujiaoqi

铁杆木虫 (知名作家)
浓度不高，吸光度比值也不好，没做的价值

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2楼2019-08-01 18:48:41
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valennnnn

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by choujiaoqi at 2019-08-01 18:48:41
浓度不高，吸光度比值也不好，没做的价值

谢谢 我提的是沉积物的dna，之前浓度比这低也p出来了...就是这个纯度低得 不知道有没有必要纯化

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3楼2019-08-01 19:46:51
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remax520

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
16s扩增问题不大，DNA的情况还是要看样本来源的。不同样本来源，对OD260/280的要求，可以略有不同。况且，先扩增几个试试条件看看扩增情况。若不行，再考虑纯化。是做环境样本扩增子高通量测序吗？1.5的比值虽然低了点，但可以尝试。

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4楼2019-08-01 20:43:01
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diy患者

铁虫 (正式写手)
只能说，一般情况下，问题不大，pcr对纯度不敏感。试试再说。
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5楼2019-08-01 20:55:50
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GRUBBY_WU

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以跑胶看一下，有条带用27f/1492r扩增全长16s应该问题不大，如果只扩其中几个区域做mate16s应该更容易

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2019更好更棒!
6楼2019-08-01 22:42:28
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choujiaoqi

铁杆木虫 (知名作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by valennnnn at 2019-08-01 19:46:51
谢谢 我提的是沉积物的dna，之前浓度比这低也p出来了...就是这个纯度低得 不知道有没有必要纯化
...

我居然看成rna了。dna做普通pcr就很随意了。

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7楼2019-08-02 09:02:49
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valennnnn

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by GRUBBY_WU at 2019-08-01 22:42:28
可以跑胶看一下，有条带用27f/1492r扩增全长16s应该问题不大，如果只扩其中几个区域做mate16s应该更容易

请问p出来的只有引物二聚体是不是可以确定引物没有失效 是模板有问题了？？

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8楼2019-08-03 11:28:40
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