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Bachelor.

木虫 (著名写手)


[交流] mcsqs

有谁知道mcsqs具体怎么用么,特别是-2-3的选择,以及最后如何选择一个最好的结构

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假大空

木虫之王 (文学泰斗)



Bachelor.(金币+2): 谢谢参与
好运
13楼2019-07-27 13:06:15
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liuqiang68

至尊木虫 (文坛精英)



Bachelor.(金币+2): 谢谢参与
加油!
15楼2019-07-27 14:31:52
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大金属大师

铁虫 (初入文坛)



Bachelor.(金币+2): 谢谢参与
-2=[real]      Maximum distance between two points within a pair (Default: 0)
   -3=[real]      Maximum distance between two points within a triplet (Default: 0)
   -4=[real]      Maximum distance between two points within a quadruplet (Default: 0)
   -5=[real]      Maximum distance between two points within a quintuplet (Default: 0)
   -6=[real]      Maximum distance between two points within a sextuplet (Default: 0)

我问过作者,选择pair, triplet, quadruplet 的大小,不同的研究里面也没有统一的标准。虽然说越大越好,但是太大了也非常影响计算时间。我读过的一些文章里面,最多是用到second nearest pairs,second nearest triplets,还有second nearest quadruplets。
评定它的混乱程度看你的target function 和你的correlation function 的差值是多少,这个差值越低越好。
19楼2019-07-29 21:03:06
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Bachelor.

木虫 (著名写手)


引用回帖:
19楼: Originally posted by 大金属大师 at 2019-07-29 21:03:06
-2=      Maximum distance between two points within a pair (Default: 0)
   -3=      Maximum distance between two points within a triplet (Default: 0)
   -4=      Maximum distance between two points ...

请问你所说的差值,是值得bestcorr.out第五列的值么?我理解的objective function表示的含义就是目标关联函数和实际模拟出来的差值,你看对么

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20楼2019-07-29 21:09:02
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大金属大师

铁虫 (初入文坛)


引用回帖:
20楼: Originally posted by Bachelor. at 2019-07-29 21:09:02
请问你所说的差值,是值得bestcorr.out第五列的值么?我理解的objective function表示的含义就是目标关联函数和实际模拟出来的差值,你看对么
...

是的,是第五列。
我忘了他在哪里说过,单看objective function = xxxx这一个数值好像是没有什么参考价值。
一个比较的方法是,按照1st NN pair, 2nd NN pair ...这样的顺序,把第五列的值加起来。
例子:
2        2.528850        0.111111        0.111111        -0.000000
2        2.537153        0.111111        0.111111        -0.000000
2        3.582210        0.111111        0.111111        -0.000000
2        3.582210        0.111111        0.111111        -0.000000
3        2.537153        0.037037        0.037037        -0.000000
3        2.537153        0.037037        0.037037        -0.000000

这里有1st NN pair (第一第二行), 2nd NN pair (第三第四行), 1st NN triplet (第五第六行). 分别加起来。看第五列加起来的数,比较齐第三列加起来的数。我看的文章都有报道这些数字,如果他们相差很远,那就是一个可以接受的SQS。具体是多少的话其实还没有标准。SQS能大就大一些,毕竟这样更加接近ideal solution,在不牺牲太多计算时间的情况下,尽量大一些(60个以上吧)。多做几个SQS,比较他们之间这些值,在他们之间选一个合适的。对于这些correlation function difference的值,我自己的经验是correlation function difference/correlation function < 某个值。这个值在不同系统是不一样的。没有人做过这方面的研究,也只能看经验。
25楼2019-07-29 23:38:51
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Bachelor.

木虫 (著名写手)


引用回帖:
25楼: Originally posted by 大金属大师 at 2019-07-29 23:38:51
是的,是第五列。
我忘了他在哪里说过,单看objective function = xxxx这一个数值好像是没有什么参考价值。
一个比较的方法是,按照1st NN pair, 2nd NN pair ...这样的顺序,把第五列的值加起来。
例子:
2        2 ...

我这里找到了误差分析的方法,只是这个误差值多少还有点不确定,至少我能做出一个大致判断了

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26楼2019-07-30 07:28:57
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aabuzhangjun

新虫 (知名作家)



Bachelor.(金币+2): 谢谢参与
祈福,祝福。也希望自己及家人一切顺利,祈福,祈福,祈福!
28楼2019-07-30 15:34:04
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zhukkkkf

新虫 (初入文坛)



Bachelor.(金币+2): 谢谢参与
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26楼: Originally posted by Bachelor. at 2019-07-30 07:28:57
我这里找到了误差分析的方法,只是这个误差值多少还有点不确定,至少我能做出一个大致判断了
...

能请问一下你用的误差分析的方法是什么吗?非常感谢
30楼2020-05-20 15:17:30
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nono20092楼
2019-07-25 09:46   回复  
Bachelor.(金币+2): 谢谢参与
`
2019-07-25 10:14   回复  
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youngen4楼
2019-07-25 10:45   回复  
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2019-07-25 11:24   回复  
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tzynew9楼
2019-07-25 22:42   回复  
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ckxbear10楼
2019-07-25 22:54   回复  
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muzi010411楼
2019-07-26 07:46   回复  
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胡小虾12楼
2019-07-26 15:42   回复  
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祝福
gongzilu14楼
2019-07-27 13:47   回复  
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yijibang18楼
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yh050423楼
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youngen29楼
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