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Bachelor.

木虫 (著名写手)

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[交流] mcsqs

有谁知道mcsqs具体怎么用么，特别是-2-3的选择，以及最后如何选择一个最好的结构

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1楼 2019-07-25 07:48:30

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大金属大师

铁虫 (初入文坛)

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引用回帖:

20楼: Originally posted by Bachelor. at 2019-07-29 21:09:02
请问你所说的差值，是值得bestcorr.out第五列的值么？我理解的objective function表示的含义就是目标关联函数和实际模拟出来的差值，你看对么
...

是的，是第五列。
我忘了他在哪里说过，单看objective function = xxxx这一个数值好像是没有什么参考价值。
一个比较的方法是，按照1st NN pair, 2nd NN pair ...这样的顺序，把第五列的值加起来。
例子：
2 2.528850 0.111111 0.111111 -0.000000
2 2.537153 0.111111 0.111111 -0.000000
2 3.582210 0.111111 0.111111 -0.000000
2 3.582210 0.111111 0.111111 -0.000000
3 2.537153 0.037037 0.037037 -0.000000
3 2.537153 0.037037 0.037037 -0.000000

这里有1st NN pair （第一第二行）, 2nd NN pair （第三第四行）, 1st NN triplet （第五第六行）. 分别加起来。看第五列加起来的数，比较齐第三列加起来的数。我看的文章都有报道这些数字，如果他们相差很远，那就是一个可以接受的SQS。具体是多少的话其实还没有标准。SQS能大就大一些，毕竟这样更加接近ideal solution，在不牺牲太多计算时间的情况下，尽量大一些（60个以上吧）。多做几个SQS，比较他们之间这些值，在他们之间选一个合适的。对于这些correlation function difference的值，我自己的经验是correlation function difference/correlation function < 某个值。这个值在不同系统是不一样的。没有人做过这方面的研究，也只能看经验。