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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs中的LJ-SR和LJ-LR表示什么？
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】gromacs中的LJ-SR和LJ-LR表示什么？

我用gromacs跑了一个受体配体复合物的动力学模拟，ndx文件包含以下四部分：protein, SIM, SOL, NA+. 在我用g_energy提取能量时遇到了几个问题，请教一下：

1. 图中7， 8， 9 ，10 项各表示什么？从哪里可以查到？
2. 图中lamb-Protein等带lamb的表示什么？
3. 这里没有Protein-SIM的相互作用项，好像需要rerun，但为什么我一rerun他就说我的输入文件和轨迹文件的原子数不对啊？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:42 ]
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1楼 2009-05-27 14:42:00
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):3q 5-29 15:02
SR = short-range
LR = long-range
recip. = reciprocal summation?
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2楼2009-05-27 17:55:14
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