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蒲公英花

铁虫 (小有名气)

[求助] Autodock对接后只能看到小分子 已有1人参与

在linux安装命令进行对接,只得到一些小分子mol2文件没有蛋白pdb文件,怎么查看对接结果啊

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蒲公英花

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2019-07-11 11:50:20
在图形界面analysis里面看结果,或者保存出来用pymol分析

谢谢您啊!试试看

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3楼2019-07-11 12:00:06
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查看全部 4 个回答

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)


在图形界面analysis里面看结果,或者保存出来用pymol分析

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2楼2019-07-11 11:50:20
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一代米哟

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

AutoDock对接后应该得到dlg文件或者out文件吧,蛋白用原来的pdb文件就好。不过,MGLTools只能分析很有限的氢键作用,建议楼主百度搜索【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK6)】计算教程,可以分析八大经典相互作用,比MGLTools和其他一众软件强多了。而且DOCK 6给出的打分还能分别给出范德华力和静电力的贡献,跟看到的相互作用对应起来,可分析的内容就丰富多了。
4楼2021-12-03 11:18:36
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