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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » Autodock对接后只能看到小分子
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蒲公英花

铁虫 (小有名气)

[求助] Autodock对接后只能看到小分子 已有1人参与

在linux安装命令进行对接，只得到一些小分子mol2文件没有蛋白pdb文件，怎么查看对接结果啊

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1楼 2019-07-11 11:23:36
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
在图形界面analysis里面看结果，或者保存出来用pymol分析

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2楼2019-07-11 11:50:20
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蒲公英花

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2019-07-11 11:50:20
在图形界面analysis里面看结果，或者保存出来用pymol分析

谢谢您啊！试试看

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3楼2019-07-11 12:00:06
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一代米哟

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

AutoDock对接后应该得到dlg文件或者out文件吧，蛋白用原来的pdb文件就好。不过，MGLTools只能分析很有限的氢键作用，建议楼主百度搜索【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK6)】计算教程，可以分析八大经典相互作用，比MGLTools和其他一众软件强多了。而且DOCK 6给出的打分还能分别给出范德华力和静电力的贡献，跟看到的相互作用对应起来，可分析的内容就丰富多了。
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4楼2021-12-03 11:18:36
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