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gwdavid木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
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[交流]
【求助】gromacs中“non-default goups in your mdp file”错误
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大家好，请教一下： 我用gromacs运行，mdrun时md.mdp文件如下: ; Berendsen temperature coupling is on in three groups Tcoupl = v-rescale tau_t = 0.1 0.1 0.1 0.1 tc_grps = Protein_A SIM SOL NA+ ref_t = 310 310 310 310 top文件如下： [ molecules ] ; Compound #mols Protein_A 1 SIM 1 SOL 46639 NA+ 2 但是在运行时却出现如下错误，请问是哪里有问题了？ Fatal error: Group Protein_A not found in indexfile. Maybe you have non-default goups in your mdp file, while not using the '-n' option of grompp. In that case use the '-n' option. [ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:46 ] |
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top文件中[ molecules ]中的Compound，比如Protein_A ，并不是index文件中的Group。 Gromacs默认的index文件是每次运行grompp等程序的时候根据数据库里的aminoacids.dat等文件自动生成的，主要是根据残基的代码区分蛋白，非蛋白，溶剂，离子等，总共有十个左右的组。这个默认的index文件只是计算需要，并不保存。如果您不需要特定的组，可以直接用Gromacs默认的组，比如Protein和Non Protein。 如果您想区分特定的组，比如这里的Protein_A等，需要用make_ndx命令生成您所需要的index文件，这样的index文件不仅包含了Gromacs默认的组，还包含了您自己设定的组，这样grompp就可以调用这个生成的index文件去匹配mdp文件中的组名了。 [ Last edited by armeria on 2009-5-27 at 02:17 ] |
2楼2009-05-27 02:11:46
gwdavid
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