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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs中“non-default goups in your mdp file”错误
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】gromacs中“non-default goups in your mdp file”错误

大家好，请教一下：

我用gromacs运行，mdrun时md.mdp文件如下:
; Berendsen temperature coupling is on in three groups
Tcoupl                  =  v-rescale
tau_t                    =  0.1                   0.1           0.1                 0.1
tc_grps                    =  Protein_A           SIM          SOL         NA+
ref_t                     =  310                  310         310         310

top文件如下：
[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_A             1
SIM                            1
SOL                      46639
NA+                            2

但是在运行时却出现如下错误，请问是哪里有问题了？

Fatal error:
Group Protein_A not found in indexfile.
Maybe you have non-default goups in your mdp file, while not using the '-n' option of grompp.
In that case use the '-n' option.

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:46 ]
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
1楼 2009-05-26 22:02:11
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armeria

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 新人加油 5-27 09:21
top文件中[ molecules ]中的Compound，比如Protein_A ，并不是index文件中的Group。

Gromacs默认的index文件是每次运行grompp等程序的时候根据数据库里的aminoacids.dat等文件自动生成的，主要是根据残基的代码区分蛋白，非蛋白，溶剂，离子等，总共有十个左右的组。这个默认的index文件只是计算需要，并不保存。如果您不需要特定的组，可以直接用Gromacs默认的组，比如Protein和Non Protein。

如果您想区分特定的组，比如这里的Protein_A等，需要用make_ndx命令生成您所需要的index文件，这样的index文件不仅包含了Gromacs默认的组，还包含了您自己设定的组，这样grompp就可以调用这个生成的index文件去匹配mdp文件中的组名了。

[ Last edited by armeria on 2009-5-27 at 02:17 ]
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2楼2009-05-27 02:11:46
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
非常感谢您！
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2009-05-27 08:29:32
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gwdavid(金币+4,VIP+0):非常感谢! 6-8 18:25
从你md.mdp文件来看，你所有的group的温度都是一样的，耦合的频率也是一样的，那么就没有必要吧他们都写出来，你这样写就可以搞定：
Tcoupl                  =  v-rescale
tau_t                    =  0.1           
tc_grps                    =  System
ref_t                     =  310   

如果你按照你的方式写，出现的问题可能的原因是你的ITP文件的[ atoms ]中残基组（resid）这一项写的不是Protein_A
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4楼2009-06-08 16:58:49
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