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lizhaozhang

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子动力学模拟-径向分布函数出错问题

各位大虾,有个问题咨询。
在MS中动力学计算后,分析径向分布函数RDF,选择原子O和H后,定义。在部分晶面可以算出结果,但部分晶面出现如下问题:
Error: Miscellaneous: Error encountered in routine analysis_main:
  
    invoked from within
"analysis \
         method = Pair_Correlation_Function  \
         subset = "O"  \
         subset2 = "H"  \
         table = 1 \
         file = RDF- ..."

这是什么意思,该怎么解决那?
还有就是,在RDF分析中,他们定义2个原子后,出现的分布曲线是3条,分别是H(total)、O(total)、O-H(total),而我的出现9条,除了上面三条total外,还有H(inter)、H(intra)等,是在哪里设置这些啊?
初学模拟,迫切希望得到大家指点!谢谢。。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 19:40 ]
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wobuzhidao1

金虫 (小有名气)

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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-27 17:45
这个问题也碰见过,错误提示是由于晶胞体系为非立方\非四面体(看英文提示),个人认为好像是这个原因吧.因为切割后形成的晶胞不是分析所要求的。后来我就采用forcite模块中的对相关函数分析方法进行了分析。楼主可试试forcite模块
7楼2009-06-10 16:14:10
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查看全部 12 个回答

cassie0795

金虫 (小有名气)

★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 5-25 20:24
楼主的体系有水分子吗?那么键角如何控制的呢?
2楼2009-05-25 12:16:57
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)

?

★
lei0736(金币+1,VIP+0):也奖励一下 5-25 20:24
引用回帖:
Originally posted by cassie0795 at 2009-5-25 12:16:
楼主的体系有水分子吗?那么键角如何控制的呢?

我里面没有加入水分子,因为现在是初学,从最简单的入手,没有考虑溶剂效应。。水分子的键角是固定的啊~~直接绘制就是标准的结构啊。。。
3楼2009-05-25 17:28:52
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qasd

木虫 (著名写手)

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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 5-25 20:24
你的盒子形状是什么样子?
4楼2009-05-25 19:41:54
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