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lizhaozhang

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子动力学模拟-径向分布函数出错问题

各位大虾,有个问题咨询。
在MS中动力学计算后,分析径向分布函数RDF,选择原子O和H后,定义。在部分晶面可以算出结果,但部分晶面出现如下问题:
Error: Miscellaneous: Error encountered in routine analysis_main:
  
    invoked from within
"analysis \
         method = Pair_Correlation_Function  \
         subset = "O"  \
         subset2 = "H"  \
         table = 1 \
         file = RDF- ..."

这是什么意思,该怎么解决那?
还有就是,在RDF分析中,他们定义2个原子后,出现的分布曲线是3条,分别是H(total)、O(total)、O-H(total),而我的出现9条,除了上面三条total外,还有H(inter)、H(intra)等,是在哪里设置这些啊?
初学模拟,迫切希望得到大家指点!谢谢。。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 19:40 ]
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):也奖励一下 5-25 20:24
引用回帖:
Originally posted by cassie0795 at 2009-5-25 12:16:
楼主的体系有水分子吗?那么键角如何控制的呢?

我里面没有加入水分子,因为现在是初学,从最简单的入手,没有考虑溶剂效应。。水分子的键角是固定的啊~~直接绘制就是标准的结构啊。。。
3楼2009-05-25 17:28:52
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cassie0795

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 5-25 20:24
楼主的体系有水分子吗?那么键角如何控制的呢?
2楼2009-05-25 12:16:57
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qasd

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 5-25 20:24
你的盒子形状是什么样子?
4楼2009-05-25 19:41:54
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)

谢谢帮忙

引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-5-25 19:41:
你的盒子形状是什么样子?

ZnCO3的晶胞,沿着116晶面切割后,建立了5*5的超晶胞,30A的真空度。
上面加上一个有机分子,含有直链烷基。。
分析O和直链烷基H的作用。
我不晓得怎么贴图呀。。
5楼2009-05-26 08:12:12
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