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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】分子动力学模拟-径向分布函数出错问题
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子动力学模拟-径向分布函数出错问题

各位大虾，有个问题咨询。
在MS中动力学计算后，分析径向分布函数RDF，选择原子O和H后，定义。在部分晶面可以算出结果，但部分晶面出现如下问题：
Error: Miscellaneous: Error encountered in routine analysis_main:
  
    invoked from within
"analysis \
         method = Pair_Correlation_Function  \
         subset = "O"  \
         subset2 = "H"  \
         table = 1 \
         file = RDF- ..."

这是什么意思，该怎么解决那？
还有就是，在RDF分析中，他们定义2个原子后，出现的分布曲线是3条，分别是H（total）、O（total）、O-H（total），而我的出现9条，除了上面三条total外，还有H（inter）、H（intra）等，是在哪里设置这些啊？
初学模拟，迫切希望得到大家指点！谢谢。。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 19:40 ]
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1楼 2009-05-24 16:01:48
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cassie0795

金虫 (小有名气)
★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 5-25 20:24
楼主的体系有水分子吗？那么键角如何控制的呢？
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2楼2009-05-25 12:16:57
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)

？

★
lei0736(金币+1,VIP+0):也奖励一下 5-25 20:24
引用回帖:
Originally posted by cassie0795 at 2009-5-25 12:16:
楼主的体系有水分子吗？那么键角如何控制的呢？

我里面没有加入水分子，因为现在是初学，从最简单的入手，没有考虑溶剂效应。。水分子的键角是固定的啊~~直接绘制就是标准的结构啊。。。
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3楼2009-05-25 17:28:52
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qasd

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 5-25 20:24
你的盒子形状是什么样子？
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4楼2009-05-25 19:41:54
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)

谢谢帮忙

引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-5-25 19:41:
你的盒子形状是什么样子？

ZnCO3的晶胞，沿着116晶面切割后，建立了5*5的超晶胞，30A的真空度。
上面加上一个有机分子，含有直链烷基。。
分析O和直链烷基H的作用。
我不晓得怎么贴图呀。。
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5楼2009-05-26 08:12:12
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shaopeng6539

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我也出现同样错误，请大家指点，谢谢
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6楼2009-06-07 11:22:19
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wobuzhidao1

金虫 (小有名气)
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-27 17:45
这个问题也碰见过,错误提示是由于晶胞体系为非立方\非四面体(看英文提示),个人认为好像是这个原因吧.因为切割后形成的晶胞不是分析所要求的。后来我就采用forcite模块中的对相关函数分析方法进行了分析。楼主可试试forcite模块
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7楼2009-06-10 16:14:10
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)

谢谢

引用回帖:
Originally posted by wobuzhidao1 at 2009-6-10 16:14:
这个问题也碰见过,错误提示是由于晶胞体系为非立方\非四面体(看英文提示),个人认为好像是这个原因吧.因为切割后形成的晶胞不是分析所要求的。后来我就采用forcite模块中的对相关函数分析方法进行了分析。楼主可试 ...

谢谢哈。。我试试。。
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8楼2009-07-16 20:03:15
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lizhaozhang

银虫 (正式写手)

还有个问题

引用回帖:
Originally posted by wobuzhidao1 at 2009-6-10 16:14:
这个问题也碰见过,错误提示是由于晶胞体系为非立方\非四面体(看英文提示),个人认为好像是这个原因吧.因为切割后形成的晶胞不是分析所要求的。后来我就采用forcite模块中的对相关函数分析方法进行了分析。楼主可试 ...

在用discover计算的结果基础上，用forcite模块analyze可以计算出RDF，这两个模块对于RDF计算有什么不同？还有怎么设置曲线的颜色，我出来的图都是蓝色标示的，不知道那个对应咯。谢谢
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9楼2009-07-27 17:22:08
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cassie0795

金虫 (小有名气)
真空度啥意思啊？
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10楼2009-09-02 12:04:36
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