24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 5125  |  回复: 9

施魏因123

新虫 (小有名气)

[求助] lammps分子模板建立问题

各位大神,我建立了四氯化碳的分子模板,如下所示,但是用molecule命令调用data文件时,总是出现 Unknown section in molecule file (../molecule.cpp:

579)的问题,请问分子模板哪里有问题?非常感谢 !


#####ccl4分子模板#####
5 atoms
4 bonds
6 angles

Coords

1    -2.982    1.067     0.000
2    -3.362    0.028     0.278   
3    -3.362    1.344    -1.038
4    -3.362    1.826     0.760   
5    -1.842    1.066     0.000

Types

1   1
2   2
3   2
4   2
5   2

Charges

1    0.904
2   -0.226
3   -0.226
4   -0.226
5   -0.226

Bonds

1   1    1 2
2   1    1 3
3   1    1 4
4   1    1 5

Angles

1   1      2 1 3
2   1      2 1 4
3   1      2 1 5
4   1      3 1 4
5   1      3 1 5
6   1      4 1 5

Special Bonds Counts

1   4 0 0
2   1 3 0
3   1 3 0
4   1 3 0
5   1 3 0

Special Bonds

1   2 3 4 5
2   1 3 4 5
3   1 2 4 5
4   1 2 3 5
5   1 2 3 4

Shake Flags

1   1
2   2
3   2
4   2
5   2

Shake Atoms

1   1 2 3 4 5
2   1 2
3   1 3
4   1 4
5   1 5

Shake Bond Types

1   1 1 1 1 1
2   1
3   1
4   1
5   1
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Gdujdn

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
沙漠猎人: 金币-10, 应助指数-1, 屏蔽内容, 违规存档, 广告 2019-11-29 09:05:23
本帖内容被屏蔽

2楼2019-07-15 14:47:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xb490284223

金虫 (正式写手)

蘑菇头

楼主,您好,请问您解决这个问题了吗?我也碰到了类似问题
3楼2019-10-29 14:28:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

施魏因123

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xb490284223 at 2019-10-29 14:28:17
楼主,您好,请问您解决这个问题了吗?我也碰到了类似问题

您好,已解决
4楼2019-11-08 19:13:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl940

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

5楼2020-01-02 11:20:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl993

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

6楼2020-01-03 14:29:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl925

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

7楼2020-01-04 16:33:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl965

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

8楼2020-01-09 14:47:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冯阳fyl

新虫 (初入文坛)

前辈您好,请问您这个unknown section in molecule file是怎么解决的,我现在也遇到了同样的问题

发自小木虫IOS客户端
9楼2020-07-08 18:33:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

施魏因123

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 冯阳fyl at 2020-07-08 18:33:12
前辈您好,请问您这个unknown section in molecule file是怎么解决的,我现在也遇到了同样的问题

create box命令中注意一下键角的数目
10楼2020-07-10 21:12:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 施魏因123 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料工程281还有调剂机会吗 +41 xaw. 2026-04-11 42/2100 2026-04-14 20:05 by honglizhao
[考研] 通信工程求调剂!!! +4 zlb770521 2026-04-14 4/200 2026-04-14 18:19 by lbsjt
[考研] 材料299专硕求调剂 +16 +21 2026-04-09 16/800 2026-04-14 17:06 by jiangguiquan11
[考研] 化学070300 求调剂 +23 哈哈哈^_^ 2026-04-12 23/1150 2026-04-14 16:30 by zhouxiaoyu
[考研] 290求调剂 +21 luoziheng 2026-04-10 23/1150 2026-04-14 15:49 by zs92450
[考研] 一志愿沪9,326求生物学调剂 +10 刘墨墨 2026-04-13 10/500 2026-04-14 15:16 by zs92450
[考研] 0856专硕求调剂 希望是a区院校 +24 好好休息好不好 2026-04-09 27/1350 2026-04-13 22:22 by pies112
[考研] 302求调剂 +10 易!? 2026-04-13 10/500 2026-04-13 19:04 by lbsjt
[考研] 322求调剂,08工科 +4 今天是个小号 2026-04-08 4/200 2026-04-13 00:20 by baobaoye
[考研] 0831生医工第一轮调剂失败求助 +12 小熊睿睿_s 2026-04-11 16/800 2026-04-12 16:28 by 钰璞
[考研] 0859,337求调剂 +4 研s. 2026-04-10 4/200 2026-04-11 11:34 by caotw2020
[考研] 农学0904 312求调剂 +6 Say Never 2026-04-10 6/300 2026-04-11 10:33 by wwj2530616
[考研] 346,工科0854求调剂,专硕 +7 moser233 2026-04-10 8/400 2026-04-11 08:52 by 猪会飞
[考研] 调剂 +12 卷卷卷心菜_ 2026-04-09 13/650 2026-04-10 22:36 by Ftglcn90
[考研] 263能源动力专硕求调剂 +3 加大号饭盒袋 2026-04-10 3/150 2026-04-10 22:23 by 286640313
[考研] 083200 305分 求二轮调剂 不接受跨专业 +9 Claireyyyy 2026-04-09 10/500 2026-04-10 21:21 by Claireyyyy
[考研] 求调剂 +5 不会飞的鱼@ 2026-04-10 5/250 2026-04-10 19:07 by chemisry
[考研] 083200 初试305分 求调剂 暂不考虑跨专业 +15 Claireyyyy 2026-04-09 15/750 2026-04-09 16:11 by zhuimr
[考研] 286求调剂 +19 Faune 2026-04-08 20/1000 2026-04-09 08:36 by 哦哦123
[考研] 考研求调剂 +4 雯??? 2026-04-08 4/200 2026-04-08 21:44 by 土木硕士招生
信息提示
请填处理意见