应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps分子模板建立问题
101/1返回列表
查看: 6076  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

施魏因123

新虫 (小有名气)

[求助] lammps分子模板建立问题

各位大神，我建立了四氯化碳的分子模板，如下所示，但是用molecule命令调用data文件时，总是出现 Unknown section in molecule file (../molecule.cpp:

579)的问题，请问分子模板哪里有问题？非常感谢 ！


#####ccl4分子模板#####
5 atoms
4 bonds
6 angles

Coords

1    -2.982    1.067     0.000
2    -3.362    0.028     0.278   
3    -3.362    1.344    -1.038
4    -3.362    1.826     0.760   
5    -1.842    1.066     0.000

Types

1   1
2   2
3   2
4   2
5   2

Charges

1    0.904
2   -0.226
3   -0.226
4   -0.226
5   -0.226

Bonds

1   1    1 2
2   1    1 3
3   1    1 4
4   1    1 5

Angles

1   1      2 1 3
2   1      2 1 4
3   1      2 1 5
4   1      3 1 4
5   1      3 1 5
6   1      4 1 5

Special Bonds Counts

1   4 0 0
2   1 3 0
3   1 3 0
4   1 3 0
5   1 3 0

Special Bonds

1   2 3 4 5
2   1 3 4 5
3   1 2 4 5
4   1 2 3 5
5   1 2 3 4

Shake Flags

1   1
2   2
3   2
4   2
5   2

Shake Atoms

1   1 2 3 4 5
2   1 2
3   1 3
4   1 4
5   1 5

Shake Bond Types

1   1 1 1 1 1
2   1
3   1
4   1
5   1
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2019-06-13 11:48:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Gdujdn

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
沙漠猎人: 金币-10, 应助指数-1, 屏蔽内容, 违规存档, 广告 2019-11-29 09:05:23
本帖内容被屏蔽
2楼2019-07-15 14:47:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xb490284223

金虫 (正式写手)

蘑菇头
楼主，您好，请问您解决这个问题了吗？我也碰到了类似问题
赞一下 回复此楼
3楼2019-10-29 14:28:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

施魏因123

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xb490284223 at 2019-10-29 14:28:17
楼主，您好，请问您解决这个问题了吗？我也碰到了类似问题

您好，已解决
回复此楼
4楼2019-11-08 19:13:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl940

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
5楼2020-01-02 11:20:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl993

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
6楼2020-01-03 14:29:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl925

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
7楼2020-01-04 16:33:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl965

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
8楼2020-01-09 14:47:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冯阳fyl

新虫 (初入文坛)
前辈您好，请问您这个unknown section in molecule file是怎么解决的，我现在也遇到了同样的问题

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
9楼2020-07-08 18:33:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

施魏因123

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 冯阳fyl at 2020-07-08 18:33:12
前辈您好，请问您这个unknown section in molecule file是怎么解决的，我现在也遇到了同样的问题

create box命令中注意一下键角的数目
赞一下 回复此楼
10楼2020-07-10 21:12:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 施魏因123 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-14 16:25 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:12 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:00 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:48 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:45 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:37 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:21 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:13 by Aj1rhIDL5ixY
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 15:09 by Aj1rhIDL5ixY
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:01 by Aj1rhIDL5ixY
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:00 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 14:57 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-14 12:35 by 40ms4Wlo4umh
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 10:11 by 23jxep3nCNZb
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 10:01 by 23jxep3nCNZb
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
[教师之家] 浙江师范大学是怎么坑我的 +10 recruit123 2026-09-09 15/750 2026-09-13 10:45 by seaskyy
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭