24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 5115  |  回复: 9

施魏因123

新虫 (小有名气)

[求助] lammps分子模板建立问题

各位大神,我建立了四氯化碳的分子模板,如下所示,但是用molecule命令调用data文件时,总是出现 Unknown section in molecule file (../molecule.cpp:

579)的问题,请问分子模板哪里有问题?非常感谢 !


#####ccl4分子模板#####
5 atoms
4 bonds
6 angles

Coords

1    -2.982    1.067     0.000
2    -3.362    0.028     0.278   
3    -3.362    1.344    -1.038
4    -3.362    1.826     0.760   
5    -1.842    1.066     0.000

Types

1   1
2   2
3   2
4   2
5   2

Charges

1    0.904
2   -0.226
3   -0.226
4   -0.226
5   -0.226

Bonds

1   1    1 2
2   1    1 3
3   1    1 4
4   1    1 5

Angles

1   1      2 1 3
2   1      2 1 4
3   1      2 1 5
4   1      3 1 4
5   1      3 1 5
6   1      4 1 5

Special Bonds Counts

1   4 0 0
2   1 3 0
3   1 3 0
4   1 3 0
5   1 3 0

Special Bonds

1   2 3 4 5
2   1 3 4 5
3   1 2 4 5
4   1 2 3 5
5   1 2 3 4

Shake Flags

1   1
2   2
3   2
4   2
5   2

Shake Atoms

1   1 2 3 4 5
2   1 2
3   1 3
4   1 4
5   1 5

Shake Bond Types

1   1 1 1 1 1
2   1
3   1
4   1
5   1
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Gdujdn

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
沙漠猎人: 金币-10, 应助指数-1, 屏蔽内容, 违规存档, 广告 2019-11-29 09:05:23
本帖内容被屏蔽

2楼2019-07-15 14:47:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xb490284223

金虫 (正式写手)

蘑菇头

楼主,您好,请问您解决这个问题了吗?我也碰到了类似问题
3楼2019-10-29 14:28:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

施魏因123

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xb490284223 at 2019-10-29 14:28:17
楼主,您好,请问您解决这个问题了吗?我也碰到了类似问题

您好,已解决
4楼2019-11-08 19:13:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl940

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

5楼2020-01-02 11:20:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl993

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

6楼2020-01-03 14:29:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl925

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

7楼2020-01-04 16:33:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl965

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

8楼2020-01-09 14:47:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冯阳fyl

新虫 (初入文坛)

前辈您好,请问您这个unknown section in molecule file是怎么解决的,我现在也遇到了同样的问题

发自小木虫IOS客户端
9楼2020-07-08 18:33:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

施魏因123

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 冯阳fyl at 2020-07-08 18:33:12
前辈您好,请问您这个unknown section in molecule file是怎么解决的,我现在也遇到了同样的问题

create box命令中注意一下键角的数目
10楼2020-07-10 21:12:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 施魏因123 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 08工学 309分求调剂 +7 Yin DY 2026-04-08 7/350 2026-04-13 22:50 by pies112
[考研] 各位老师好,求调剂,本科211,一志愿天津大学生物与医药学硕,差两名录取。 +9 路六六jjj 2026-04-13 9/450 2026-04-13 22:49 by pies112
[考研] 284求调剂 +16 让我上岸吧阿西 2026-04-09 16/800 2026-04-13 22:18 by pies112
[考研] 一志愿双非085400电子信息344 求调剂,对材料和化学方向也感兴趣 +12 无情的小羊 2026-04-09 13/650 2026-04-13 14:17 by 张zhihao
[考研] 0831一轮调剂失败求助 +10 小熊睿睿_s 2026-04-11 10/500 2026-04-12 22:43 by 长弓傲
[基金申请] 山东省基金2026 +5 jerry681 2026-04-08 6/300 2026-04-12 08:33 by kudofaye
[考研] 305求调剂 +7 玛卡巴卡boom 2026-04-11 7/350 2026-04-12 07:35 by zhouxiaoyu
[考研] 一志愿郑州大学 22408 305分求调剂 +5 安小满zzz 2026-04-08 5/250 2026-04-12 00:41 by 蓝云思雨
[考研] 267求调剂 +8 再忙也要吃饭啊 2026-04-09 8/400 2026-04-11 21:42 by cfdbai
[考研] 材料工程日语考生求调剂 +7 0856?调剂 2026-04-10 7/350 2026-04-11 21:33 by 蓝云思雨
[考研] 085400 328分 求调剂 +10 喂你一个大橙子 2026-04-09 14/700 2026-04-11 19:53 by lqspecial
[考研] 298求调剂 +5 残荷新柳 2026-04-07 5/250 2026-04-11 11:02 by 紫曦紫棋
[考研] 求调剂 +6 archer.. 2026-04-09 8/400 2026-04-11 10:55 by zhq0425
[考研] 0854调剂 +5 音像店听花鼓戏 2026-04-10 5/250 2026-04-11 10:49 by qingpingzhu
[考研] 275求调剂 +9 1624447980 2026-04-08 10/500 2026-04-11 10:20 by Delta2012
[考研] 广东省 085601 329分求调剂 +14 Eddieddd 2026-04-10 14/700 2026-04-11 09:58 by bljnqdcc
[考研] 一志愿京区985,085401,与本科专业一致,电子信息工程, +4 阳光开朗的男孩 2026-04-10 4/200 2026-04-10 18:27 by shenrf
[考研] 344求调剂 +7 丶风雪夜归人丶 2026-04-09 7/350 2026-04-10 12:05 by pengliang8036
[考研] 086004 求调剂 309 +7 Yin DY 2026-04-08 7/350 2026-04-09 13:59 by Delta2012
[考研] 085404,334分,求调剂 +5 sunjie8888 2026-04-08 8/400 2026-04-09 07:26 by sunjie8888
信息提示
请填处理意见