应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps分子模板建立问题
101/1返回列表
查看: 4651  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

施魏因123

新虫 (小有名气)

[求助] lammps分子模板建立问题

各位大神，我建立了四氯化碳的分子模板，如下所示，但是用molecule命令调用data文件时，总是出现 Unknown section in molecule file (../molecule.cpp:

579)的问题，请问分子模板哪里有问题？非常感谢 ！


#####ccl4分子模板#####
5 atoms
4 bonds
6 angles

Coords

1    -2.982    1.067     0.000
2    -3.362    0.028     0.278   
3    -3.362    1.344    -1.038
4    -3.362    1.826     0.760   
5    -1.842    1.066     0.000

Types

1   1
2   2
3   2
4   2
5   2

Charges

1    0.904
2   -0.226
3   -0.226
4   -0.226
5   -0.226

Bonds

1   1    1 2
2   1    1 3
3   1    1 4
4   1    1 5

Angles

1   1      2 1 3
2   1      2 1 4
3   1      2 1 5
4   1      3 1 4
5   1      3 1 5
6   1      4 1 5

Special Bonds Counts

1   4 0 0
2   1 3 0
3   1 3 0
4   1 3 0
5   1 3 0

Special Bonds

1   2 3 4 5
2   1 3 4 5
3   1 2 4 5
4   1 2 3 5
5   1 2 3 4

Shake Flags

1   1
2   2
3   2
4   2
5   2

Shake Atoms

1   1 2 3 4 5
2   1 2
3   1 3
4   1 4
5   1 5

Shake Bond Types

1   1 1 1 1 1
2   1
3   1
4   1
5   1
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2019-06-13 11:48:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Gdujdn

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
沙漠猎人: 金币-10, 应助指数-1, 屏蔽内容, 违规存档, 广告 2019-11-29 09:05:23
本帖内容被屏蔽
2楼2019-07-15 14:47:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xb490284223

金虫 (正式写手)

蘑菇头
楼主，您好，请问您解决这个问题了吗？我也碰到了类似问题
赞一下 回复此楼
3楼2019-10-29 14:28:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

施魏因123

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xb490284223 at 2019-10-29 14:28:17
楼主，您好，请问您解决这个问题了吗？我也碰到了类似问题

您好，已解决
回复此楼
4楼2019-11-08 19:13:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl940

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
5楼2020-01-02 11:20:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl993

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
6楼2020-01-03 14:29:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl925

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
7楼2020-01-04 16:33:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl965

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
8楼2020-01-09 14:47:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冯阳fyl

新虫 (初入文坛)
前辈您好，请问您这个unknown section in molecule file是怎么解决的，我现在也遇到了同样的问题

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
9楼2020-07-08 18:33:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

施魏因123

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 冯阳fyl at 2020-07-08 18:33:12
前辈您好，请问您这个unknown section in molecule file是怎么解决的，我现在也遇到了同样的问题

create box命令中注意一下键角的数目
赞一下 回复此楼
10楼2020-07-10 21:12:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 施魏因123 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿北京化工大学070300 学硕336求调剂 +5 vv迷 2026-03-21 8/400 2026-03-22 14:20 by ColorlessPI
[考研] 305分求调剂（食品工程） +3 Sxy112 2026-03-21 5/250 2026-03-22 11:35 by 杨杨杨紫
[考博] 招收博士1-2人 +3 QGZDSYS 2026-03-18 4/200 2026-03-22 10:25 by QGZDSYS
[考研] 280求调剂 +11 咕噜晓晓 2026-03-18 12/600 2026-03-21 22:40 by ACS Nano——
[考研] 初试 317 +7 半拉月丙 2026-03-20 7/350 2026-03-21 22:26 by peike
[考研] 求调剂 +4 要好好无聊 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:57 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿华中科技大学，080502，354分求调剂 +5 守候夕阳CF 2026-03-18 5/250 2026-03-21 01:06 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂 +10 S.H1 2026-03-18 10/500 2026-03-20 23:51 by JourneyLucky
[考研] 330求调剂 +4 小材化本科 2026-03-18 4/200 2026-03-20 23:13 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 317求调剂 +5 申子申申 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:26 by JourneyLucky
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂，总分315（英一） +5 sbdksD 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
[考研] 材料学求调剂 +4 Stella_Yao 2026-03-20 4/200 2026-03-20 20:28 by ms629
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 暗涌afhb 2026-03-16 3/150 2026-03-20 00:28 by 河南大学校友
[考研] 一志愿福大288有机化学，求调剂 +3 小木虫200408204 2026-03-18 3/150 2026-03-19 13:31 by houyaoxu
[考研] 材料专硕306英一数二 +10 z1z2z3879 2026-03-16 13/650 2026-03-18 14:20 by 007_lilei
[考研] 277调剂 +5 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-17 19:26 by 李leezz
[考博] 26申博 +4 八6八68 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨； 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭