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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps分子模板建立问题
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施魏因123

新虫 (小有名气)

[求助] lammps分子模板建立问题

各位大神，我建立了四氯化碳的分子模板，如下所示，但是用molecule命令调用data文件时，总是出现 Unknown section in molecule file (../molecule.cpp:

579)的问题，请问分子模板哪里有问题？非常感谢 ！


#####ccl4分子模板#####
5 atoms
4 bonds
6 angles

Coords

1    -2.982    1.067     0.000
2    -3.362    0.028     0.278   
3    -3.362    1.344    -1.038
4    -3.362    1.826     0.760   
5    -1.842    1.066     0.000

Types

1   1
2   2
3   2
4   2
5   2

Charges

1    0.904
2   -0.226
3   -0.226
4   -0.226
5   -0.226

Bonds

1   1    1 2
2   1    1 3
3   1    1 4
4   1    1 5

Angles

1   1      2 1 3
2   1      2 1 4
3   1      2 1 5
4   1      3 1 4
5   1      3 1 5
6   1      4 1 5

Special Bonds Counts

1   4 0 0
2   1 3 0
3   1 3 0
4   1 3 0
5   1 3 0

Special Bonds

1   2 3 4 5
2   1 3 4 5
3   1 2 4 5
4   1 2 3 5
5   1 2 3 4

Shake Flags

1   1
2   2
3   2
4   2
5   2

Shake Atoms

1   1 2 3 4 5
2   1 2
3   1 3
4   1 4
5   1 5

Shake Bond Types

1   1 1 1 1 1
2   1
3   1
4   1
5   1
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1楼 2019-06-13 11:48:24
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施魏因123

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 冯阳fyl at 2020-07-08 18:33:12
前辈您好，请问您这个unknown section in molecule file是怎么解决的，我现在也遇到了同样的问题

create box命令中注意一下键角的数目
赞一下 回复此楼
10楼2020-07-10 21:12:35
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Gdujdn

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
沙漠猎人: 金币-10, 应助指数-1, 屏蔽内容, 违规存档, 广告 2019-11-29 09:05:23
本帖内容被屏蔽
2楼2019-07-15 14:47:54
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xb490284223

金虫 (正式写手)

蘑菇头
楼主，您好，请问您解决这个问题了吗？我也碰到了类似问题
赞一下 回复此楼
3楼2019-10-29 14:28:17
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施魏因123

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xb490284223 at 2019-10-29 14:28:17
楼主，您好，请问您解决这个问题了吗？我也碰到了类似问题

您好，已解决
回复此楼
4楼2019-11-08 19:13:38
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