24小时热门版块排行榜    

查看: 4141  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

施魏因123

新虫 (小有名气)

[求助] lammps分子模板建立问题

各位大神,我建立了四氯化碳的分子模板,如下所示,但是用molecule命令调用data文件时,总是出现 Unknown section in molecule file (../molecule.cpp:

579)的问题,请问分子模板哪里有问题?非常感谢 !


#####ccl4分子模板#####
5 atoms
4 bonds
6 angles

Coords

1    -2.982    1.067     0.000
2    -3.362    0.028     0.278   
3    -3.362    1.344    -1.038
4    -3.362    1.826     0.760   
5    -1.842    1.066     0.000

Types

1   1
2   2
3   2
4   2
5   2

Charges

1    0.904
2   -0.226
3   -0.226
4   -0.226
5   -0.226

Bonds

1   1    1 2
2   1    1 3
3   1    1 4
4   1    1 5

Angles

1   1      2 1 3
2   1      2 1 4
3   1      2 1 5
4   1      3 1 4
5   1      3 1 5
6   1      4 1 5

Special Bonds Counts

1   4 0 0
2   1 3 0
3   1 3 0
4   1 3 0
5   1 3 0

Special Bonds

1   2 3 4 5
2   1 3 4 5
3   1 2 4 5
4   1 2 3 5
5   1 2 3 4

Shake Flags

1   1
2   2
3   2
4   2
5   2

Shake Atoms

1   1 2 3 4 5
2   1 2
3   1 3
4   1 4
5   1 5

Shake Bond Types

1   1 1 1 1 1
2   1
3   1
4   1
5   1
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

施魏因123

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 冯阳fyl at 2020-07-08 18:33:12
前辈您好,请问您这个unknown section in molecule file是怎么解决的,我现在也遇到了同样的问题

create box命令中注意一下键角的数目
10楼2020-07-10 21:12:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

Gdujdn

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
沙漠猎人: 金币-10, 应助指数-1, 屏蔽内容, 违规存档, 广告 2019-11-29 09:05:23
本帖内容被屏蔽

2楼2019-07-15 14:47:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xb490284223

金虫 (正式写手)

蘑菇头

楼主,您好,请问您解决这个问题了吗?我也碰到了类似问题
3楼2019-10-29 14:28:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

施魏因123

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xb490284223 at 2019-10-29 14:28:17
楼主,您好,请问您解决这个问题了吗?我也碰到了类似问题

您好,已解决
4楼2019-11-08 19:13:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿哈尔滨工业大学0856材料与化工,前三科206,总分283,求调剂 +3 26考研求调剂 2026-03-06 3/150 2026-03-06 08:27 by 斩魂滴兔子!
[考研] 306求调剂 +5 Bahati 2026-03-05 5/250 2026-03-06 08:07 by 杨杨杨紫
[考研] 考研282分求调剂,接受跨专业 +4 刘淄博 2026-03-04 7/350 2026-03-05 22:56 by 刘淄博
[考研] 一志愿武理085601专硕347分求调剂 +4 啊欧欧欧 2026-03-04 5/250 2026-03-05 19:27 by Leding1356
[基金申请] 成果系统访问量大,请15分钟后再尝试。由此给您造成的不便,敬请谅解。 +15 xhuama 2026-03-02 17/850 2026-03-05 17:14 by 超神赏金
[考研] 一志愿南京大学资源与环境专业283分求调剂 +3 追云?? 2026-03-04 3/150 2026-03-05 09:47 by 热情沙漠
[考研] 085600材料与化工 298 调剂 +9 小西笑嘻嘻 2026-03-03 9/450 2026-03-05 08:36 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿985材料与化工 326分求调剂 +3 Hz795795 2026-03-04 3/150 2026-03-04 20:54 by wutongshun
[考研] 322分 085600求调剂,有互联网+国金及主持省级大创经历 +6 熊境喆 2026-03-04 6/300 2026-03-04 20:32 by kakakapanpan
[考研] 本科太原理工采矿工程,求调剂 +3 onlx 2026-03-01 3/150 2026-03-04 15:57 by Stephen_ym
[考研] 一志愿西工大材料学,英一数二总分321分,求调剂。 +3 zz05zz 2026-03-02 5/250 2026-03-04 09:16 by lbsjt
[考研] 085600求调剂 +4 LRZZZZZZ 2026-03-02 6/300 2026-03-04 09:11 by 无际的草原
[考研] 293求调剂 +4 是乐渝哇 2026-03-03 4/200 2026-03-03 23:04 by zhukairuo
[考研] 292求调剂 +3 sgbl 2026-03-03 3/150 2026-03-03 17:30 by barlinike
[考研] 278求调剂 +3 满天星11_22 2026-03-02 3/150 2026-03-03 13:51 by Iveryant
[考研] 化工京区271求调剂 +7 11ing 2026-03-02 7/350 2026-03-03 07:30 by 利好利好.
[考研] 085600材料工程一志愿中科大总分312求调剂 +9 吃宵夜1 2026-02-28 11/550 2026-03-02 20:14 by hypershenger
[考研] 化工299分求调剂 一志愿985落榜 +5 嘻嘻(*^ω^*) 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:47 by 无际的草原
[考研] 291分工科求调剂 +9 science饿饿 2026-03-01 10/500 2026-03-01 18:55 by 18137688336
[论文投稿] 求助coordination chemistry reviews 的写作模板 10+3 ljplijiapeng 2026-02-27 4/200 2026-03-01 09:07 by babero
信息提示
请填处理意见