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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 保守序列怎么找出来
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xiaorong-er

金虫 (正式写手)

[交流] 保守序列怎么找出来

我现在要根据一个物种的某个基因的保守区来设计引物，但是不知道怎么把保守区调出来？我只知道在DNAMAN和NCBI上用blast比较二个物种的mRNA序列和氨基酸序列，但是怎么把它们相同的部分给弄出来。希望有人可以指点，谢谢！
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1楼 2009-05-20 10:53:37
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doctorlx8058

★
xiaorong-er(金币+1,VIP+0): 5-20 14:58
你好，在做实时定量PCR时也要求设计特异性引物序列。一般情况下，我们是在GENEBANK中下载相关基因序列，在详细信息中找到CDS区，一般情况下，CDS区时相对保守的。
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2楼2009-05-20 11:17:06
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amilie030312

金虫 (正式写手)
★
xiaorong-er(金币+1,VIP+0): 5-20 14:58
找到所有NCBI上登陆的所有物种的该基因的CDS区，然后用软件来进行同源性对比，推荐你用BioEdit，我个人觉得满好用的。先找同源性比较好的地方用引物设计软件看出不出引物，如果不出，其他的部位如果引物出的很好但同源性不好做普通PCR的话可以设置兼并碱基，如果做定量的话那没办法只能按照物种同源性更接近的那个先来试了。
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3楼2009-05-20 12:45:17
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xiaorong-er

金虫 (正式写手)
哦，我是要做半定量PCR的，我先要找到这个物种的保守区设计引物扩增另一物种，得到目的片段后再来设计引物。
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4楼2009-05-20 14:16:20
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sutao1979

木虫 (著名写手)

小木虫10年groupleader
★
xiaorong-er(金币+1,VIP+0): 5-21 15:49
vector nti 可以用这软件，功能强大，序列比对之后，就可以自动划分保守区
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会当凌绝顶，一览众山小
5楼2009-05-20 14:25:30
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bbyu007

木虫 (正式写手)
★
xiaorong-er(金币+1,VIP+0): 5-21 15:50
比对各种模式生物的保守domain 或者 motif 即可
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我是笨笨鱼~~~
6楼2009-05-20 15:06:53
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love_st

金虫 (著名写手)
★
xiaorong-er(金币+1,VIP+0): 5-22 08:50
引用回帖:
Originally posted by amilie030312 at 2009-5-20 12:45:
找到所有NCBI上登陆的所有物种的该基因的CDS区，然后用软件来进行同源性对比，推荐你用BioEdit，我个人觉得满好用的。先找同源性比较好的地方用引物设计软件看出不出引物，如果不出，其他的部位如果引物出的很好但 ...

这个已经足够详细了
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7楼2009-05-20 15:40:37
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xiaorong-er

金虫 (正式写手)
CDS区时氨基酸序列，我怎么把它们转变成核苷酸序列呢？对这块还是不很懂，有没有详细的资料说怎么去比对设计引物的？
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8楼2009-05-21 15:13:23
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love_st

金虫 (著名写手)
★
xiaorong-er(金币+1,VIP+0): 5-21 16:59
引用回帖:
Originally posted by xiaorong-er at 2009-5-21 15:13:
CDS区时氨基酸序列，我怎么把它们转变成核苷酸序列呢？对这块还是不很懂，有没有详细的资料说怎么去比对设计引物的？

可以用氨基酸序列进行比对，道理是一个样的！
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9楼2009-05-21 15:24:26
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xiaorong-er

金虫 (正式写手)
那我设计引物怎么办？还是得要保守区的核苷酸序列才行吧？
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10楼2009-05-21 16:57:33
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