应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 含铂配合物分子动力学模拟力场选择
51/1返回列表
查看: 2171  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

xsw1EZUNT519

金虫 (初入文坛)

[求助] 含铂配合物分子动力学模拟力场选择 已有1人参与

求助各路大神，我想做一个铂配合物的分子动力学模拟，请问用什么力场可以呀？？有相应的文献就更好啦！！！！
之前请人帮忙用Gromacs做模拟，用的是UFF力场，效果不佳，上网百度了一下，有说用COMPASS力场的，可以吗？？
非常着急，请大家指点指点！！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2019-05-09 21:44:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

blacksep

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xsw1EZUNT519 at 2019-05-16 20:29:42
主要是没有搜到相关的文献，还是谢谢啦...

您好，请问后来做出来了吗？我发现obgmx有近似uff力场，但是我怎么找都找不到obgmx对应的立场文件，请问您有uff相关的立场文件吗？谢谢您
赞一下 回复此楼
8楼2020-01-25 19:54:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

Natsumecc

木虫 (著名写手)

大钛虫

【答案】应助回帖

GROMACS不支持COMPASS力场，若想使用COMPASS力场，请使用Materials Studio或者LAMMPS，UFF其实还好，主要是你得根据文献中报道的力场参数自己改一下某些参数。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

xsw1EZUNT519
哥上的不是小木虫，是寂寞
5楼2019-05-15 23:08:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xsw1EZUNT519

金虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by Natsumecc at 2019-05-15 23:08:46
GROMACS不支持COMPASS力场，若想使用COMPASS力场，请使用Materials Studio或者LAMMPS，UFF其实还好，主要是你得根据文献中报道的力场参数自己改一下某些参数。

主要是没有搜到相关的文献，还是谢谢啦
赞一下 回复此楼
6楼2019-05-16 20:29:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Natsumecc

木虫 (著名写手)

大钛虫
引用回帖:
6楼: Originally posted by xsw1EZUNT519 at 2019-05-16 20:29:42
主要是没有搜到相关的文献，还是谢谢啦...

可以高斯算一下得到诸如电荷之类的参数然后修改下uff的参数

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
哥上的不是小木虫，是寂寞
7楼2019-05-16 20:53:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 3/150 2026-08-30 02:33 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 3/150 2026-08-30 01:58 by ZPa0EcMwuECS
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 01:58 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 01:45 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 01:36 by ZPa0EcMwuECS
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 01:34 by ZPa0EcMwuECS
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-30 01:14 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 01:12 by ZPa0EcMwuECS
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 00:52 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-30 00:52 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 面上意见出来了 +8 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 16/800 2026-08-29 20:45 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 09:26 by G6APbkg8SA6w
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭