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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Gaussview计算得到的红外光谱图纵坐标转换
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ocina

铁杆木虫 (著名写手)

小菜虫

[求助] Gaussview计算得到的红外光谱图纵坐标转换 已有1人参与

红外光谱图纵坐标是Transmittance或Absorbance，而用Gaussview计算得到的谱图是红外光谱图纵坐标是Epsilon。请问这两种类型的图如何切换？急求，谢谢
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击鼓其镗，踊跃用兵。土国城漕，我独南行。从孙子仲，平陈与宋。不我以归，忧心有忡。
1楼 2019-04-09 14:27:15
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ocina

铁杆木虫 (著名写手)

小菜虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-04-10 02:02:19
以下是我知道的 我对中间的一些数学操作也不是搞得太清楚。有啥错误之处就到时候请大牛来指正了。定性的来说说。

实验的红外光谱通常用的Abs和 T%。 要和高斯得到的振子强度挂钩就得用到朗伯比尔定律
Abs=ε *c ...

谢谢您的回复，我是刚刚接触这一块，有些问题再请教您一下，properties里半峰宽一般设置多少？另外，您说的横坐标，计算的频率和实验红外的波数单位都是cm-1，它们不一样吗？
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击鼓其镗，踊跃用兵。土国城漕，我独南行。从孙子仲，平陈与宋。不我以归，忧心有忡。
3楼2019-04-10 10:16:19
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+8 2019-04-10 10:05:23
ocina: 金币+50, ★★★很有帮助 2019-04-10 19:40:07
以下是我知道的 我对中间的一些数学操作也不是搞得太清楚。有啥错误之处就到时候请大牛来指正了。定性的来说说。

实验的红外光谱通常用的Abs和 T%。 要和高斯得到的振子强度挂钩就得用到朗伯比尔定律
Abs=ε *c *L  这里面 c和L是和物质分子本身没有关系的 所以高斯不考虑
高斯给出的那个红外强度实际上就是 跟ε挂钩的。也就是你看到Gaussview里显示的 Epsilon
这ε单位是 L /mol /cm

如果查看输出文件， 计算出来的IR振子强度 单位是 KM/mol

而所谓一个振动模式的振动强度定义是 用频率对ε 积分 对应实验中的红外光谱 实际上就是在某一个频率范围内的吸光度（实验光谱中的峰面积）
做了积分之后 L/mol/cm 相当于乘以一个频率（cm-1。 那这样量纲就变为了 跟高斯生成的KM/mol 一样的了。

回到计算上来。算出来的IR光谱是一个一个的振子强度 放在图上就是一条竖线 没有面积，所以看起来和实验肯定是不一样的。所以这样就需要反过来操作，也就是把这个竖线展宽。

把对应的振子强度 用某种规则进行展宽后的曲线每一点的纵坐标就可以对应ε，也就是摩尔吸光度。

IR的计算光谱通常是用洛伦兹函数来展宽。展宽之后的计算光谱就可以和实验光谱比较了。

既然涉及到展宽，那自己手算比较麻烦。Gaussview  是可以在程序里帮你展宽的，在光谱上点击右键 properties里 只需要设置半峰宽就可以了

大家一般最关心的是IR光谱的横坐标也就是频率。每个峰之间相对的峰面积比较也有些价值。因为这对应了振子强度的大小。而纵坐标abs或者T%本身的绝对数值一般就并不那么关心了。
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2楼2019-04-10 02:02:19
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paramecium86

版主 (著名写手)
半峰宽主要还是根据实验结果来的 要尽量让拟合出来光谱贴近实验光谱就行。红外峰的频率单位一般来说都是波数 算出来和实验谱中横坐标单位波数是一样的单位。

发自小木虫IOS客户端
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4楼2019-04-10 11:05:08
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ocina

铁杆木虫 (著名写手)

小菜虫
引用回帖:
4楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-04-10 11:05:08
半峰宽主要还是根据实验结果来的 要尽量让拟合出来光谱贴近实验光谱就行。红外峰的频率单位一般来说都是波数 算出来和实验谱中横坐标单位波数是一样的单位。

谢谢您，在gaussview里可以设置半峰宽，还可以倒置（即把图像倒过来，这样更好和实验对比），但是导出数据在origin里又变成没有倒置的图像了，请问有办法解决吗？多谢！
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击鼓其镗，踊跃用兵。土国城漕，我独南行。从孙子仲，平陈与宋。不我以归，忧心有忡。
5楼2019-04-10 13:22:19
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