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ocina

铁杆木虫 (著名写手)

小菜虫

[求助] Gaussview计算得到的红外光谱图纵坐标转换 已有1人参与

红外光谱图纵坐标是Transmittance或Absorbance,而用Gaussview计算得到的谱图是红外光谱图纵坐标是Epsilon。请问这两种类型的图如何切换?急求,谢谢
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
zhou2009: 金币+8 2019-04-10 10:05:23
ocina: 金币+50, ★★★很有帮助 2019-04-10 19:40:07
以下是我知道的 我对中间的一些数学操作也不是搞得太清楚。有啥错误之处就到时候请大牛来指正了。定性的来说说。

实验的红外光谱通常用的Abs和 T%。 要和高斯得到的振子强度挂钩就得用到朗伯比尔定律
Abs=ε *c *L  这里面 c和L是和物质分子本身没有关系的 所以高斯不考虑
高斯给出的那个红外强度实际上就是 跟ε挂钩的。也就是你看到Gaussview里显示的 Epsilon
这ε单位是 L /mol /cm

如果查看输出文件, 计算出来的IR振子强度 单位是 KM/mol

而所谓一个振动模式的振动强度定义是 用频率对ε 积分 对应实验中的红外光谱 实际上就是在某一个频率范围内的吸光度(实验光谱中的峰面积)
做了积分之后 L/mol/cm 相当于乘以一个频率(cm-1。 那这样量纲就变为了 跟高斯生成的KM/mol 一样的了。

回到计算上来。算出来的IR光谱是一个一个的振子强度 放在图上就是一条竖线 没有面积,所以看起来和实验肯定是不一样的。所以这样就需要反过来操作,也就是把这个竖线展宽。

把对应的振子强度 用某种规则进行展宽后的曲线每一点的纵坐标就可以对应ε,也就是摩尔吸光度。

IR的计算光谱通常是用洛伦兹函数来展宽。展宽之后的计算光谱就可以和实验光谱比较了。

既然涉及到展宽,那自己手算比较麻烦。Gaussview  是可以在程序里帮你展宽的,在光谱上点击右键 properties里 只需要设置半峰宽就可以了

大家一般最关心的是IR光谱的横坐标也就是频率。每个峰之间相对的峰面积比较也有些价值。因为这对应了振子强度的大小。而纵坐标abs或者T%本身的绝对数值一般就并不那么关心了。
2楼2019-04-10 02:02:19
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ocina

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小菜虫

引用回帖:
2楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-04-10 02:02:19
以下是我知道的 我对中间的一些数学操作也不是搞得太清楚。有啥错误之处就到时候请大牛来指正了。定性的来说说。

实验的红外光谱通常用的Abs和 T%。 要和高斯得到的振子强度挂钩就得用到朗伯比尔定律
Abs=ε *c ...

谢谢您的回复,我是刚刚接触这一块,有些问题再请教您一下,properties里半峰宽一般设置多少?另外,您说的横坐标,计算的频率和实验红外的波数单位都是cm-1,它们不一样吗?
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3楼2019-04-10 10:16:19
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paramecium86

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半峰宽主要还是根据实验结果来的 要尽量让拟合出来光谱贴近实验光谱就行。红外峰的频率单位一般来说都是波数 算出来和实验谱中横坐标单位波数是一样的单位。

发自小木虫IOS客户端
4楼2019-04-10 11:05:08
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ocina

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小菜虫

引用回帖:
4楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-04-10 11:05:08
半峰宽主要还是根据实验结果来的 要尽量让拟合出来光谱贴近实验光谱就行。红外峰的频率单位一般来说都是波数 算出来和实验谱中横坐标单位波数是一样的单位。

谢谢您,在gaussview里可以设置半峰宽,还可以倒置(即把图像倒过来,这样更好和实验对比),但是导出数据在origin里又变成没有倒置的图像了,请问有办法解决吗?多谢!
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5楼2019-04-10 13:22:19
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paramecium86

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引用回帖:
5楼: Originally posted by ocina at 2019-04-10 00:22:19
谢谢您,在gaussview里可以设置半峰宽,还可以倒置(即把图像倒过来,这样更好和实验对比),但是导出数据在origin里又变成没有倒置的图像了,请问有办法解决吗?多谢!...

高斯让图像倒置的做法只是把坐标轴方向反过来了。 所以用导出了数据点之后在正常方向的坐标轴里plot 图像就还是正的。最容易的做法就是 在origin里把坐标轴也掉转方向来做图。
6楼2019-04-10 17:59:44
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ocina

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引用回帖:
6楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-04-10 17:59:44
高斯让图像倒置的做法只是把坐标轴方向反过来了。 所以用导出了数据点之后在正常方向的坐标轴里plot 图像就还是正的。最容易的做法就是 在origin里把坐标轴也掉转方向来做图。...

已解决,非常感谢您的帮助
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7楼2019-04-10 19:39:30
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