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zixy

专家顾问 (著名写手)

[交流] 求助一B类错误--Short Inter D...A Contact ,谢谢!

各们版友好,

   新手今天在解析一个结构过程中,碰到一个B类错误,请大家帮忙想想办法呀,


Alert level B
PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact  O1     ..  N1      ..       2.60 Ang.



THX!!!
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 5-15 21:58
zixy(金币+20,VIP+0):I 服了U,经验太足了,问题解决,真是太感谢了! 5-16 00:05
应该是O1或N1上本来有H的,但是忘了加了.或还没有加
xi2004-emuch@163.com
3楼2009-05-15 15:40:44
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liutaone

木虫 (正式写手)



paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 5-15 21:57
首先看一下是否定对了原子及有没有无序的问题,如果确认是正确的,解释一下应该也可以,参见:Author Response: O6 is the oxygen atom of lattcie water molecules.  N8 is the nitrogen atom from one terminal CN.  There are strong hydrogen bonds between them, and the distances between them is reasonable for donor and acceptor atoms with strong hydrogen bonding.
2楼2009-05-15 15:18:05
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zixy

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-5-15 15:40:
应该是O1或N1上本来有H的,但是忘了加了.或还没有加

谢谢xi2004高手的热心,

你经验太足了,真的很佩服!


我做了二竣酸和4,4-联吡啶和金属的混配,结果是金属没有配位上,就是竣酸和联吡啶的共晶,果然按你所说,少加一个氢,在Fourier面上,竣酸上的氢现已跑到4,4-联吡啶的N上了,然后就不报错了!


再次感谢!


顺便能否再请教一下,我的CIF文件里的键长是按
C-O2
C-O1
....

这样的顺序,经仔细发现,是按键长从小大到的顺序排列的,不知有没有办法,不用手工调整,直接按
C-O1
C-O2
顺序排呢,

特别是如果碰到金属参与配位时,输入数据稍有点不方便!


THX !
4楼2009-05-16 00:12:05
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 5-16 13:15
引用回帖:
Originally posted by zixy at 2009-5-16 00:12:



谢谢xi2004高手的热心,

你经验太足了,真的很佩服!


我做了二竣酸和4,4-联吡啶和金属的混配,结果是金属没有配位上,就是竣酸和联吡啶的共晶,果然按你所说,少加一个氢,在Fourier面上,竣酸上的 ...

没有特别在意.
是的,是从大到小排列.

我想, 唯一能做的是把ins中的原子在xp下用sort然后 sort $m $o $n $c 先排好
然后回到.ins文件, 不同的moiety之间用mole 1 mole2等标记一下.
xi2004-emuch@163.com
5楼2009-05-16 10:20:06
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