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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 求助一B类错误--Short Inter D...A Contact ，谢谢！
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zixy

专家顾问 (著名写手)

[交流] 求助一B类错误--Short Inter D...A Contact ，谢谢！

各们版友好，

   新手今天在解析一个结构过程中，碰到一个B类错误，请大家帮忙想想办法呀，


Alert level B
PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact  O1     ..  N1      ..       2.60 Ang.



THX！！！
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1楼 2009-05-15 14:44:10
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liutaone

木虫 (正式写手)
★
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 5-15 21:57
首先看一下是否定对了原子及有没有无序的问题，如果确认是正确的，解释一下应该也可以，参见：Author Response: O6 is the oxygen atom of lattcie water molecules.  N8 is the nitrogen atom from one terminal CN.  There are strong hydrogen bonds between them, and the distances between them is reasonable for donor and acceptor atoms with strong hydrogen bonding.
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2楼2009-05-15 15:18:05
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 5-15 21:58
zixy(金币+20,VIP+0):I 服了U，经验太足了，问题解决，真是太感谢了！ 5-16 00:05
应该是O1或N1上本来有H的,但是忘了加了.或还没有加
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xi2004-emuch@163.com
3楼2009-05-15 15:40:44
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zixy

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-5-15 15:40:
应该是O1或N1上本来有H的,但是忘了加了.或还没有加

谢谢xi2004高手的热心，

你经验太足了，真的很佩服！


我做了二竣酸和4，4-联吡啶和金属的混配，结果是金属没有配位上，就是竣酸和联吡啶的共晶，果然按你所说，少加一个氢，在Fourier面上,竣酸上的氢现已跑到4,4-联吡啶的N上了，然后就不报错了！


再次感谢！


顺便能否再请教一下，我的CIF文件里的键长是按
C-O2
C-O1
....

这样的顺序，经仔细发现，是按键长从小大到的顺序排列的，不知有没有办法，不用手工调整，直接按
C-O1
C-O2
顺序排呢，

特别是如果碰到金属参与配位时，输入数据稍有点不方便！


THX ！
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4楼2009-05-16 00:12:05
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 5-16 13:15
引用回帖:
Originally posted by zixy at 2009-5-16 00:12:



谢谢xi2004高手的热心，

你经验太足了，真的很佩服！


我做了二竣酸和4，4-联吡啶和金属的混配，结果是金属没有配位上，就是竣酸和联吡啶的共晶，果然按你所说，少加一个氢，在Fourier面上,竣酸上的 ...

没有特别在意.
是的,是从大到小排列.

我想, 唯一能做的是把ins中的原子在xp下用sort然后 sort $m $o $n $c 先排好
然后回到.ins文件, 不同的moiety之间用mole 1 mole2等标记一下.
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xi2004-emuch@163.com
5楼2009-05-16 10:20:06
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zixy

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-5-16 10:20:



没有特别在意.
是的,是从大到小排列.

我想, 唯一能做的是把ins中的原子在xp下用sort然后 sort $m $o $n $c 先排好
然后回到.ins文件, 不同的moiety之间用mole 1 mole2等标记一下.

谢谢xi2004！

我按你的方法试试看！
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6楼2009-05-16 11:57:03
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