24小时热门版块排行榜    

查看: 2099  |  回复: 2
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

放逐孤岛

铜虫 (小有名气)

[求助] lammps超声波模拟设置 已有1人参与

我的题目是使用lammps模拟超声空化,我把体系分为两部份,一部分为边界区,一部分为主区。通过边界分子的简谐运动来实现超声波的传递进而完成空化过程。但是我在计算了大约20多个简谐运动周期后,主区内的分子依然不动,仅仅是边界区的分子在进行简谐运动。而且出现了
ERROR: Out of range atoms - cannot compute PPPM (src/KSPACE/pppm_tip4p.cpp:106)
这个错误(我是用的是TIP4P水分子)。希望大家能帮助我,这是哪里出了问题呢,应该如何修改,也欢迎各位做超声空化的同僚前来交流,谢谢大家

我的in文件:
dimension               3
boundary                p p p
units                   real
atom_style              full

read_data               b125.data group 1
read_data               b2000.data add append group 2

neighbor                2  bin
neigh_modify            delay 0 every 1

pair_style              lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.15 8.5 8.5
pair_coeff              1 1 0.1521 3.154000 8.5
pair_coeff              * 2 0.000000 0.000000 8.5
bond_style              harmonic
bond_coeff              1 1000 0.9572
angle_style             harmonic
angle_coeff             1 3000 104.52
kspace_style            pppm/tip4p 0.00001

minimize               1.0e-12 1.0e-12 1000 1000

variable                vel equal 0.1*sin(2*PI*0.01*time)
fix                     1 1 move variable NULL NULL NULL v_vel NULL NULL
timestep                0.001
dump                    1 all atom 100 dump.lammpstrj
run                     500000


文件中1即为边界区,2为主区。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalan王

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你好,我想问一下,bond_coeff里面1000您是怎么算的,我在手册里发现了K,想问一下K是这个值嘛?如果是,那么算K的energy是什么呢?感谢!
3楼2019-04-09 15:09:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

放逐孤岛

铜虫 (小有名气)

2楼2019-03-19 09:43:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 7/350 2026-11-14 22:44 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 XJXMuRjD7cK7 2026-11-13 3/150 2026-11-14 12:51 by KXypaGgBBlw7
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +8 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-13 11:11 by Equinoxhua
[教师之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-13 04:21 by Equinoxhua
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:51 by ECLTXnJnRSXf
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 cdqGD6ftHmbl 2026-11-11 5/250 2026-11-12 12:28 by ECLTXnJnRSXf
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-11 5/250 2026-11-12 11:44 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 5/250 2026-11-12 11:14 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 czAiolzR0IJC 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:09 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +7 czAiolzR0IJC 2026-11-10 9/450 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:38 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 11/550 2026-11-12 09:57 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 10/500 2026-11-12 09:52 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +7 FChKX8meu1ds 2026-11-09 12/600 2026-11-12 09:43 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-12 09:41 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:08 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:00 by 9fOTqj074tIg
[考博] 申请环境,微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
信息提示
请填处理意见