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放逐孤岛

铜虫 (小有名气)

[求助] lammps超声波模拟设置 已有1人参与

我的题目是使用lammps模拟超声空化,我把体系分为两部份,一部分为边界区,一部分为主区。通过边界分子的简谐运动来实现超声波的传递进而完成空化过程。但是我在计算了大约20多个简谐运动周期后,主区内的分子依然不动,仅仅是边界区的分子在进行简谐运动。而且出现了
ERROR: Out of range atoms - cannot compute PPPM (src/KSPACE/pppm_tip4p.cpp:106)
这个错误(我是用的是TIP4P水分子)。希望大家能帮助我,这是哪里出了问题呢,应该如何修改,也欢迎各位做超声空化的同僚前来交流,谢谢大家

我的in文件:
dimension               3
boundary                p p p
units                   real
atom_style              full

read_data               b125.data group 1
read_data               b2000.data add append group 2

neighbor                2  bin
neigh_modify            delay 0 every 1

pair_style              lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.15 8.5 8.5
pair_coeff              1 1 0.1521 3.154000 8.5
pair_coeff              * 2 0.000000 0.000000 8.5
bond_style              harmonic
bond_coeff              1 1000 0.9572
angle_style             harmonic
angle_coeff             1 3000 104.52
kspace_style            pppm/tip4p 0.00001

minimize               1.0e-12 1.0e-12 1000 1000

variable                vel equal 0.1*sin(2*PI*0.01*time)
fix                     1 1 move variable NULL NULL NULL v_vel NULL NULL
timestep                0.001
dump                    1 all atom 100 dump.lammpstrj
run                     500000


文件中1即为边界区,2为主区。
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放逐孤岛

铜虫 (小有名气)

2楼2019-03-19 09:43:34
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yalan王

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你好,我想问一下,bond_coeff里面1000您是怎么算的,我在手册里发现了K,想问一下K是这个值嘛?如果是,那么算K的energy是什么呢?感谢!
3楼2019-04-09 15:09:18
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