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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】【求助】非晶的分子动力学模拟
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liangshunx

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】【求助】非晶的分子动力学模拟

刚接触分子模拟，请问多组元非晶的分子动力学模拟用什么软件比较好，如何建模？帮忙推荐学习知料。

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-17 at 14:17 ]
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1楼 2009-05-10 10:33:38
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lei0736

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★
liangshunx(金币+1,VIP+0): 5-12 15:37
MS可以
推荐看看MS的手册 看他的论文列表 也可搜素文献
如K.M.Ho就做了不少
如果体系较大 建议用LAMMPS等开源MD代码
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2楼2009-05-10 12:50:42
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liangshunx

银虫 (小有名气)
MS好像都是计算两个元素的体系，
四组元的非晶体系的模型怎么建立？
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3楼2009-05-11 17:17:53
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lei0736

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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
liangshunx(金币+1,VIP+0):有点帮助 5-12 15:30
gwdavid(金币+3,VIP+0):3q 5-15 12:55
gwdavid(金币+3,VIP+0):3q 5-15 12:57
严格说来计算2元都不怎么合理 呵呵
要看你组分如何了 如果有一种是百分之几 那你的计算体系假设只包含一个该类原子总原子数也是几百了 算不动
虽然理论上N元N个原子都可以算
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4楼2009-05-11 17:47:06
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 5-12 08:39
liangshunx(金币+1,VIP+0):有点帮助 5-12 15:30
多元很难搞的。不是程序的问题，而是势函数的问题。三元以上，势函数的建立就相当之麻烦了。
如果你有势函数，那么模拟计算过程并不比单元系或二元系更复杂。不过模拟完了之后，麻烦就会来了，因为组元多，数据的处理也够你喝一壶的。
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5楼2009-05-11 20:25:43
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liangshunx

银虫 (小有名气)
看到有文献可以算八组元的成分均等的过冷液体的径向分布函数。好像用的是紧束缚理论，但是没有详细讲模拟的过程，只有结果。
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6楼2009-05-12 15:30:24
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lei0736

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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+4,VIP+0):3q 5-15 12:56
gwdavid(金币+4,VIP+0):3q 5-15 12:57
给出来看看 开玩笑吧
两两相互作用有28种天啊 呵呵
很可能是只关注了其中几种主要元素吧
用什么势倒是无所谓
TB势 只是其中一种 获得参数的过程简直要了命
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7楼2009-05-12 16:27:39
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+6,VIP+0):谢谢 学习了 5-13 09:41
liangshunx(金币+1,VIP+0):多谢 5-15 10:00
liangshunx(金币+1,VIP+0):学习了 5-18 09:07
依我看，模拟大致有两种，一种是偏向“虚拟”意义，就是说，构造一个“假”的，即实际上作不到的东西，象一种思想实验一样，研究这个的东西的规律，借以更深地理解自然，满足好奇心。比如“原子间只有排斥而无吸引的晶体，它是否可以稳定存在？它的结构是什么样的”，这个著名的问题就是这一类。 另一种是偏向“仿真”意义，目前大多数模拟工作是这个层面，也就是，构造一个尽量与真实物体或真实过程相一致的东西，研究它的规律，模拟结果尽量反映真实过程或真实结构，尽量与实验相一致，以达到以模拟来预测实验的目的，比如“金属Cu在100GPa下的熔点是多少”等等诸如此类的问题就是这一类。

八元系也不是不能做，但是，如果目的是第一类层面上的，那么是有一定价值的；如果你的目的是第二类层面上的，基本上可以认为意义不大。因为它的势函数肯定是很粗糙的，至少，势函数本身的可靠性就是很难验证的，更不要谈模拟结果。当然也不排除某个结果碰巧与实验一致，比如熔点，呵呵。不过，我认为很难出现这样的情况。

补充一句，也许对多元系来说，从头计算是更好的选择。不过现在的计算机能力还普遍达不到。。

[ Last edited by 老虎大王 on 2009-5-13 at 09:02 ]
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8楼2009-05-13 08:56:08
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liangshunx

银虫 (小有名气)
给出来看看 开玩笑吧
两两相互作用有28种天啊 呵呵
很可能是只关注了其中几种主要元素吧
用什么势倒是无所谓
TB势 只是其中一种 获得参数的过程简直要了命


八组元MD模拟文章J. Phys.: Condens. Matter 20 (2008) 145214（见附件）

有模拟的能量过程的介绍，但是本人刚接触不太清楚他是怎么建立模型的

[ Last edited by liangshunx on 2009-5-15 at 10:05 ]
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9楼2009-05-15 09:57:34
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lei0736

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gwdavid(金币+3,VIP+0):3q 5-15 12:56
引用回帖:
Originally posted by liangshunx at 2009-5-15 09:57:
给出来看看 开玩笑吧
两两相互作用有28种天啊 呵呵
很可能是只关注了其中几种主要元素吧
用什么势倒是无所谓
TB势 只是其中一种 获得参数的过程简直要了命


八组元MD模拟文章J. Phys.: Condens. Matter 2 ...

他算的都是等原子比的 同时合金参数取的元素的几何平均值
但是未见有一些二元三元多元等等的热力学数据支持 如合金晶格常数 形成焓 弹性常数 体模量等等 合理不合理呢 天晓得
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10楼2009-05-15 10:57:44
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