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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » EMSA/ChIP » ChIP-qPCR引物设计
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Lucasssssss

新虫 (小有名气)

[交流] ChIP-qPCR引物设计

从没接触过ChIP…很想知道transcriptional factor知道之后，怎么去设计引物…

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1楼 2019-02-26 08:26:45
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土豆君

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2019-02-26 22:14:13
根据你研究的TF的下游靶基因，在它的promotor区设计多段引物，body区也可以设计一对作为参照。
当然，如果在promotor区发现TF的motif，引物根据motif设计更好。
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爱基百客，提供专业级ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq、RIP-seq等表观技术服务
2楼2019-02-26 09:19:12
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Lucasssssss

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 土豆君 at 2019-02-26 09:19:12
根据你研究的TF的下游靶基因，在它的promotor区设计多段引物，body区也可以设计一对作为参照。
当然，如果在promotor区发现TF的motif，引物根据motif设计更好。

找到motif之后，怎么去设计引物？
我在eukaryotic promoter database找到了我要的那个TF那段的motif，然后怎么去设计这个引物？比如这个motif的位点在-700bp，那么引物设计改怎么去弄？
小白完全不会

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3楼2019-02-26 21:28:46
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猪妹妹May

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by Lucasssssss at 2019-02-26 21:28:46
找到motif之后，怎么去设计引物？
我在eukaryotic promoter database找到了我要的那个TF那段的motif，然后怎么去设计这个引物？比如这个motif的位点在-700bp，那么引物设计改怎么去弄？
小白完全不会
...

您好！我做的chip之前别人做过，我依据他的peak在TSS前后两千bp都设计了qpcr引物，但很疑惑为什么数据库里的chip数据在TSS后（body区？）也有peak。不知道我这么设计对不对……
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4楼2020-05-25 00:09:19
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