| 查看: 2979 | 回复: 4 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
chenpan1989银虫 (小有名气)
|
[求助]
discovery studio 关于原配体对接前后RMSD 已有2人参与
|
|
|
请教下，对接后的原配体分子构象与原配体对接前初始构象之间RMSD值为什么要小于2呢？因为有的原配体结构比较复杂，RMSD会比较大的，这就意味着该蛋白文件不能用于对接了吗？文献中认为原配体对接前后RMSD小于2，这个对接参数才会用于其他考察的小分子进行对接？谢谢！ 另外用于对接蛋白文件PDB ID 选择依据是啥呢？谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
退学或坚持读
已经有25人回复
-
遇见不省心的家人很难过
已经有13人回复
-
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有4人回复
-
免疫学博士有名额，速联系
已经有14人回复
-
面上基金申报没有其他的参与者成吗
已经有4人回复
-
多组分精馏求助
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
chenpan1989
银虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 562
- 散金: 268
- 红花: 3
- 帖子: 286
- 在线: 458.4小时
- 虫号: 1571626
- 注册: 2012-01-10
- 专业: 中药学
3楼2020-05-29 21:08:26
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
chenpan1989: 金币+5, ★★★很有帮助 2019-05-30 16:40:13
chenpan1989: 金币+5, ★★★很有帮助 2019-05-30 16:40:13
|
并非RMSD必须小于2，应具体问题具体分析。一般认为，RMSD < 2 表明该计算方案能够准确预测原配体的结合模式，由此认为用它预测新配体也有相当的准确度。然而，更严格来说，这样的外推并不总是成立的。如果新配体的结构与原配体相似，则比较合理，否则不能下此结论。最可靠的方式还是要分析结合模式。 晶体结构的分辨率比较大（＞2埃）时，这个标准已无太大意义，但通过数值，在不看结构的情况下，还是能大致判断预测构象是否正确。配体结构复杂程度与RMSD大小无直接关系，影响RMSD的主要因素是蛋白口袋的形状与残基分布情况以及配体的结合方式：1）如果口袋非典型、比较特殊，比如比较浅、呈球形、无氢键/盐桥等方向键；2）如果配体存在延伸至口袋外的柔性长链；3）有的蛋白口袋内允许配体存在多种结合构象。这些情况都会增大RMSD，然而数值并不表明一切。 总之，具体问题具体分析吧。建议关注我们公司的微信公众号（殷赋科技），我们会陆续出一系列分子对接计算教程，教大家如何计算操作和分析结果。 |
2楼2019-03-25 11:07:32
木狼人耶
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 260.2
- 散金: 3
- 帖子: 84
- 在线: 23.7小时
- 虫号: 14184577
- 注册: 2019-02-17
- 性别: GG
- 专业: 抗炎与免疫药物药理
4楼2020-05-30 00:20:48
5楼2021-12-03 16:21:16