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chenpan1989

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[求助] discovery studio 关于原配体对接前后RMSD已有2人参与

请教下，对接后的原配体分子构象与原配体对接前初始构象之间RMSD值为什么要小于2呢？因为有的原配体结构比较复杂，RMSD会比较大的，这就意味着该蛋白文件不能用于对接了吗？文献中认为原配体对接前后RMSD小于2，这个对接参数才会用于其他考察的小分子进行对接？谢谢！

另外用于对接蛋白文件PDB ID 选择依据是啥呢？谢谢！

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1楼2019-02-19 16:13:19

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扯不断

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
chenpan1989: 金币+5, ★★★很有帮助 2019-05-30 16:40:13

并非RMSD必须小于2，应具体问题具体分析。一般认为，RMSD < 2 表明该计算方案能够准确预测原配体的结合模式，由此认为用它预测新配体也有相当的准确度。然而，更严格来说，这样的外推并不总是成立的。如果新配体的结构与原配体相似，则比较合理，否则不能下此结论。最可靠的方式还是要分析结合模式。
晶体结构的分辨率比较大（＞2埃）时，这个标准已无太大意义，但通过数值，在不看结构的情况下，还是能大致判断预测构象是否正确。配体结构复杂程度与RMSD大小无直接关系，影响RMSD的主要因素是蛋白口袋的形状与残基分布情况以及配体的结合方式：1）如果口袋非典型、比较特殊，比如比较浅、呈球形、无氢键/盐桥等方向键；2）如果配体存在延伸至口袋外的柔性长链；3）有的蛋白口袋内允许配体存在多种结合构象。这些情况都会增大RMSD，然而数值并不表明一切。
总之，具体问题具体分析吧。建议关注我们公司的微信公众号（殷赋科技），我们会陆续出一系列分子对接计算教程，教大家如何计算操作和分析结果。