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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 关于RDF得到的曲线都是锯齿怎么解决呢？
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angeltong

木虫 (正式写手)

[求助] 关于RDF得到的曲线都是锯齿怎么解决呢？ 已有2人参与

我最近在用MS软件跑MD，得到的结果计算RDF时候曲线都是锯齿，峰一点也不平滑，请问各位大神这是哪里出了问题呢？本人MS小白，请多指教。
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1楼 2019-01-17 14:02:40
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用轨迹文件的多个frame求平均
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

angeltong
2楼2019-01-18 09:08:10
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xinzhi

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
曲线锯齿形，说明平均的数据点太少，可以使用多个frame求平均，另外如何体系小那么模拟的时间应该足够长，轨线存储的间隔应小一些以保证足够的点来平均。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

angeltong
3楼2019-01-18 16:13:59
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angeltong

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jluchemlib at 2019-01-18 09:08:10
用轨迹文件的多个frame求平均

轨迹文件那里是all，请问怎么求平均呢？本人小白，请指教！
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4楼2019-01-31 16:51:52
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angeltong

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by xinzhi at 2019-01-18 16:13:59
曲线锯齿形，说明平均的数据点太少，可以使用多个frame求平均，另外如何体系小那么模拟的时间应该足够长，轨线存储的间隔应小一些以保证足够的点来平均。

请问轨迹存储时间是指frame output every：steps这里吗？我用的就是默认值5000，小一些一般可以改到多少呢？
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5楼2019-01-31 16:54:28
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xinzhi

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by angeltong at 2019-01-31 16:54:28
请问轨迹存储时间是指frame output every：steps这里吗？我用的就是默认值5000，小一些一般可以改到多少呢？...

5000可以改为500,或50，根据实际情况定。

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6楼2019-02-01 07:35:36
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