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angeltong

木虫 (正式写手)

[求助] 关于RDF得到的曲线都是锯齿怎么解决呢? 已有2人参与

我最近在用MS软件跑MD,得到的结果计算RDF时候曲线都是锯齿,峰一点也不平滑,请问各位大神这是哪里出了问题呢?本人MS小白,请多指教。
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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用轨迹文件的多个frame求平均

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2楼2019-01-18 09:08:10
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xinzhi

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
曲线锯齿形,说明平均的数据点太少,可以使用多个frame求平均,另外如何体系小那么模拟的时间应该足够长,轨线存储的间隔应小一些以保证足够的点来平均。

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3楼2019-01-18 16:13:59
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angeltong

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jluchemlib at 2019-01-18 09:08:10
用轨迹文件的多个frame求平均

轨迹文件那里是all,请问怎么求平均呢?本人小白,请指教!
4楼2019-01-31 16:51:52
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angeltong

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by xinzhi at 2019-01-18 16:13:59
曲线锯齿形,说明平均的数据点太少,可以使用多个frame求平均,另外如何体系小那么模拟的时间应该足够长,轨线存储的间隔应小一些以保证足够的点来平均。

请问轨迹存储时间是指frame output every:steps这里吗?我用的就是默认值5000,小一些一般可以改到多少呢?
5楼2019-01-31 16:54:28
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xinzhi

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by angeltong at 2019-01-31 16:54:28
请问轨迹存储时间是指frame output every:steps这里吗?我用的就是默认值5000,小一些一般可以改到多少呢?...

5000可以改为500,或50,根据实际情况定。

发自小木虫Android客户端
6楼2019-02-01 07:35:36
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