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懦弱的青春

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] qPCR测定质粒拷贝数

我现在做的是双标准曲线法定量质粒的拷贝数,探针法,做标准曲线的时候遇到问题希望个为大神不吝赐教。

我们选定内参基因为16SrDNA(标准品:手提基因组)待测质粒P50(标准品:手提P50)。但是标准曲线出来,发现P50质粒标准曲线与目的基因组偏差两个数量级,即10^5浓度下,基因组CT=16.7,质粒P50 CT= 25。最终定量出来的目的质粒拷贝数为1万+。我怀疑是标准品拷贝数定量不准,但是经过多次标准品的重提及定量计算,问题依然在。请问会是什么问题产生的影响呢。提取的质粒跑胶后发现出双螺旋条带外还有一个很亮的条带,是聚体?那是不是会影响探针及引物与质粒的结合?或者是引物探针设计不合理?退火温度不合适?

请各位大神赐教。

qPCR测定质粒拷贝数
1 (1).jpg


qPCR测定质粒拷贝数-1
1 (2).png


qPCR测定质粒拷贝数-2
微信图片_20190109150723.png


qPCR测定质粒拷贝数-3
微信图片_20190109153829.png@biostar2009@wizardfan
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yeastcn

铜虫 (小有名气)

质粒应该没问题。考虑不同引物的扩增效率?

发自小木虫Android客户端
microbiology,metabolicengineering,syntheticbiology
4楼2019-01-09 22:42:44
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渊博震天

版主 (职业作家)

Yeast Display

优秀版主优秀版主

测定质粒拷贝数用qPCR的呀原来,还有别的方法吗?

发自小木虫Android客户端
2楼2019-01-09 15:59:04
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懦弱的青春

捐助贵宾 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 渊博震天 at 2019-01-09 08:59:04
测定质粒拷贝数用qPCR的呀原来,还有别的方法吗?

好像是说这个方便快捷。。
3楼2019-01-09 16:42:20
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懦弱的青春

捐助贵宾 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yeastcn at 2019-01-09 15:42:44
质粒应该没问题。考虑不同引物的扩增效率?

系统计算,基因组的是87%,P50为113%。好像扩增效率还高了。

发自小木虫Android客户端
5楼2019-01-10 08:34:32
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