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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 想做一个KEGG pathway的气泡图，某pathway的总基因数怎么找呢？
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zht930528

木虫 (正式写手)

麻辣王子

[求助] 想做一个KEGG pathway的气泡图，某pathway的总基因数怎么找呢？

如题。

比如显著差异基因有90个，其中KEGG富集分析有8个参与A pathway， 在这个物种中有1万个基因，在这1万个基因里边总共有多少个gene参与A pathway呢？ 可以怎么查找或解决？
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麻辣王子不爱做实验
1楼 2019-01-02 11:17:16
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zht930528

木虫 (正式写手)

麻辣王子
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 莫问伯言 at 2019-01-02 11:42:43
如果是常见的物种，可以直接查询该物种对应的pathway，或者可以查询该pathway下所有基因，再挑出该物种的基因

算是常见物种，芽胞杆菌。 比如查找TCA循环下的所有基因。。。这个怎么操作，我在KEGG网站上找不到。 有没有个姿势教一下~谢谢！
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麻辣王子不爱做实验
3楼2019-01-02 11:44:48
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莫问伯言

铁杆木虫 (正式写手)
如果是常见的物种，可以直接查询该物种对应的pathway，或者可以查询该pathway下所有基因，再挑出该物种的基因

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zht930528
2楼2019-01-02 11:42:43
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莫问伯言

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zht930528 at 2019-01-02 11:44:48
算是常见物种，芽胞杆菌。 比如查找TCA循环下的所有基因。。。这个怎么操作，我在KEGG网站上找不到。 有没有个姿势教一下~谢谢！...

笨方法：TCApathway中对应的ko，在看ko对应的基因。如果有对应的关系列表更好解决。如果不急需的话，可私聊留一个邮箱

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4楼2019-01-02 20:04:56
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zht930528

木虫 (正式写手)

麻辣王子
引用回帖:
4楼: Originally posted by 莫问伯言 at 2019-01-02 20:04:56
笨方法：TCApathway中对应的ko，在看ko对应的基因。如果有对应的关系列表更好解决。如果不急需的话，可私聊留一个邮箱
...

试了下KO号，这不是所有物种的嘛，还是没搞清楚~ 邮箱：1012084132@qq.com   谢谢~
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麻辣王子不爱做实验
5楼2019-01-02 20:48:43
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