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zht930528

木虫 (正式写手)

麻辣王子

[求助] 想做一个KEGG pathway的气泡图,某pathway的总基因数怎么找呢?

如题。

比如显著差异基因有90个,其中KEGG富集分析有8个参与A pathway, 在这个物种中有1万个基因,在这1万个基因里边总共有多少个gene参与A pathway呢? 可以怎么查找或解决?
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麻辣王子不爱做实验
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莫问伯言

铁杆木虫 (正式写手)

如果是常见的物种,可以直接查询该物种对应的pathway,或者可以查询该pathway下所有基因,再挑出该物种的基因

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2019-01-02 11:42:43
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zht930528

木虫 (正式写手)

麻辣王子

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 莫问伯言 at 2019-01-02 11:42:43
如果是常见的物种,可以直接查询该物种对应的pathway,或者可以查询该pathway下所有基因,再挑出该物种的基因

算是常见物种,芽胞杆菌。 比如查找TCA循环下的所有基因。。。这个怎么操作,我在KEGG网站上找不到。 有没有个姿势教一下~谢谢!
麻辣王子不爱做实验
3楼2019-01-02 11:44:48
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莫问伯言

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zht930528 at 2019-01-02 11:44:48
算是常见物种,芽胞杆菌。 比如查找TCA循环下的所有基因。。。这个怎么操作,我在KEGG网站上找不到。 有没有个姿势教一下~谢谢!...

笨方法:TCApathway中对应的ko,在看ko对应的基因。如果有对应的关系列表更好解决。如果不急需的话,可私聊留一个邮箱

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4楼2019-01-02 20:04:56
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zht930528

木虫 (正式写手)

麻辣王子

引用回帖:
4楼: Originally posted by 莫问伯言 at 2019-01-02 20:04:56
笨方法:TCApathway中对应的ko,在看ko对应的基因。如果有对应的关系列表更好解决。如果不急需的话,可私聊留一个邮箱
...

试了下KO号,这不是所有物种的嘛,还是没搞清楚~ 邮箱:1012084132@qq.com   谢谢~
麻辣王子不爱做实验
5楼2019-01-02 20:48:43
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