应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 想做一个KEGG pathway的气泡图，某pathway的总基因数怎么找呢？
51/1返回列表
查看: 7938  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zht930528

木虫 (正式写手)

麻辣王子

[求助] 想做一个KEGG pathway的气泡图，某pathway的总基因数怎么找呢？

如题。

比如显著差异基因有90个，其中KEGG富集分析有8个参与A pathway， 在这个物种中有1万个基因，在这1万个基因里边总共有多少个gene参与A pathway呢？ 可以怎么查找或解决？
回复此楼

» 猜你喜欢
麻辣王子不爱做实验
1楼 2019-01-02 11:17:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

莫问伯言

铁杆木虫 (正式写手)
如果是常见的物种，可以直接查询该物种对应的pathway，或者可以查询该pathway下所有基因，再挑出该物种的基因

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

zht930528
2楼2019-01-02 11:42:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zht930528

木虫 (正式写手)

麻辣王子
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 莫问伯言 at 2019-01-02 11:42:43
如果是常见的物种，可以直接查询该物种对应的pathway，或者可以查询该pathway下所有基因，再挑出该物种的基因

算是常见物种，芽胞杆菌。 比如查找TCA循环下的所有基因。。。这个怎么操作，我在KEGG网站上找不到。 有没有个姿势教一下~谢谢！
赞一下 回复此楼
麻辣王子不爱做实验
3楼2019-01-02 11:44:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

莫问伯言

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zht930528 at 2019-01-02 11:44:48
算是常见物种，芽胞杆菌。 比如查找TCA循环下的所有基因。。。这个怎么操作，我在KEGG网站上找不到。 有没有个姿势教一下~谢谢！...

笨方法：TCApathway中对应的ko，在看ko对应的基因。如果有对应的关系列表更好解决。如果不急需的话，可私聊留一个邮箱

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2019-01-02 20:04:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zht930528

木虫 (正式写手)

麻辣王子
引用回帖:
4楼: Originally posted by 莫问伯言 at 2019-01-02 20:04:56
笨方法：TCApathway中对应的ko，在看ko对应的基因。如果有对应的关系列表更好解决。如果不急需的话，可私聊留一个邮箱
...

试了下KO号，这不是所有物种的嘛，还是没搞清楚~ 邮箱：1012084132@qq.com   谢谢~
赞一下 回复此楼
麻辣王子不爱做实验
5楼2019-01-02 20:48:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zht930528 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:39 by 9i7PCSZyMzot
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:27 by 9i7PCSZyMzot
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:27 by 9i7PCSZyMzot
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:15 by 9i7PCSZyMzot
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:15 by 9i7PCSZyMzot
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:03 by 9i7PCSZyMzot
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:51 by 9i7PCSZyMzot
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:15 by 9i7PCSZyMzot
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:03 by 9i7PCSZyMzot
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-20 00:03 by 9i7PCSZyMzot
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:51 by 9i7PCSZyMzot
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:39 by 9i7PCSZyMzot
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:27 by 9i7PCSZyMzot
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:27 by 9i7PCSZyMzot
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:03 by 9i7PCSZyMzot
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:03 by 9i7PCSZyMzot
[考博] 申博发邮件 +8 Lmengk 2026-09-15 9/450 2026-09-19 09:27 by 中间体超市
[有机交流] 各位大神，目前国内有哪些比较好用的逆合成软件？ 20+3 zapen 2026-09-15 9/450 2026-09-18 18:17 by zapen
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组｜2027级博士研究生招生公告 +7 水士口 2026-09-16 8/400 2026-09-16 13:47 by kkklens
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +8 两三岁ss 2026-09-14 8/400 2026-09-16 09:46 by 水士口
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭