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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请问autodock做配合物的分子对接怎么做，和正常的小分子对接有什么区别吗
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majunjie3612

金虫 (正式写手)

[求助] 请问autodock做配合物的分子对接怎么做，和正常的小分子对接有什么区别吗 已有2人参与

各位牛人，请问：
（1）autodock做金属配合物的分子对接怎么做，和正常的小分子对接有什么区别吗。
（2）还有如果靶蛋白不是和小分子共结晶的时候，只知道关键氨基酸残基，活性位点怎么定义，没有找到通过氨基酸编号定义活性位点，难道是直接移动grid的坐标，让grid包含氨基酸残基来实现吗
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1楼 2018-12-25 13:50:18
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yffy8962

禁言 (初入文坛)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
2楼2018-12-25 21:22:24
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majunjie3612

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yffy8962 at 2018-12-25 21:22:24
1）需要增加金属离子参数
2）参考文献或者移动box

你好，请问哪一个功能可以增加离子参数，我的是Ru，另外，配合物结构是用chem软件画吗

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3楼2018-12-25 23:11:41
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932464477

银虫 (正式写手)
楼主问题解决了吗？如何增加金属参数

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4楼2019-04-06 17:20:06
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S-Loser

新虫 (正式写手)
很想问你们这种对接是什么意思

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5楼2019-04-06 20:26:35
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一代米哟

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

AutoDock不支持金属元素，需要自己添加参数，建议用DOCK 6来做配合物的对接。楼主可以百度搜索【小分子-小分子对接(DOCK6)】看看教程，还可以关注他们的公众号，里面有很多分子对接的教程，其中有讲到如何使用关键残基来定义对接口袋的方式。
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6楼2021-12-09 15:53:59
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