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majunjie3612

金虫 (正式写手)

[求助] 请问autodock做配合物的分子对接怎么做,和正常的小分子对接有什么区别吗 已有2人参与

各位牛人,请问:
(1)autodock做金属配合物的分子对接怎么做,和正常的小分子对接有什么区别吗。
(2)还有如果靶蛋白不是和小分子共结晶的时候,只知道关键氨基酸残基,活性位点怎么定义,没有找到通过氨基酸编号定义活性位点,难道是直接移动grid的坐标,让grid包含氨基酸残基来实现吗
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yffy8962

禁言 (初入文坛)

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本帖内容被屏蔽

2楼2018-12-25 21:22:24
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majunjie3612

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yffy8962 at 2018-12-25 21:22:24
1)需要增加金属离子参数
2)参考文献或者移动box

你好,请问哪一个功能可以增加离子参数,我的是Ru,另外,配合物结构是用chem软件画吗

发自小木虫Android客户端
3楼2018-12-25 23:11:41
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932464477

银虫 (正式写手)

楼主问题解决了吗?如何增加金属参数

发自小木虫Android客户端
4楼2019-04-06 17:20:06
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S-Loser

新虫 (正式写手)

很想问你们这种对接是什么意思

发自小木虫Android客户端
5楼2019-04-06 20:26:35
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一代米哟

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

AutoDock不支持金属元素,需要自己添加参数,建议用DOCK 6来做配合物的对接。楼主可以百度搜索【小分子-小分子对接(DOCK6)】看看教程,还可以关注他们的公众号,里面有很多分子对接的教程,其中有讲到如何使用关键残基来定义对接口袋的方式。
6楼2021-12-09 15:53:59
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