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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】【求助】gaussian 原子定位问题！！！
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zjy1818

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】【求助】gaussian 原子定位问题！！！

gaussian 里是否可以设定一个原子的精确坐标，然后其他原子跟着一块动，而且保持原来构型，我知道鼠标可以，但鼠标无法精确定位，而如果一个个输入原子坐标太麻烦了
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1楼 2009-04-29 13:03:05
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

neweroica

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 欢迎常来 5-5 08:30
引用回帖:
Originally posted by zjy1818 at 2009-4-29 13:03:
gaussian 里是否可以设定一个原子的精确坐标，然后其他原子跟着一块动，而且保持原来构型，我知道鼠标可以，但鼠标无法精确定位，而如果一个个输入原子坐标太麻烦了

完全可以用GaussView实现，可以完美地将任何原子放到任意坐标上，且分子整体平移。

不过需要一些绝密技巧，一般人我不告诉他：

比如，你想把某个原子（比如7号原子）移到坐标为（3.0,4.0,5.0）的位置上，同时分子跟着一起动，则可以：

1. 将7号原子平移到坐标原点：

在GaussView中打开PBC面板，在Symmetry选项卡里，Lattice Dimesions下拉菜单选择Three（三维）。然后切换到Cell选项卡，点击Place按钮，在Moving下拉菜单中选择Whole Cell。然后用鼠标点击窗体中的7号原子。再回到PBC面板的Symmetry选项卡，将Lattice Dimesions下拉菜单选择为None。这是你可以看到7号原子已经被放到坐标原点上了。

2. 添加虚原子：

打开Atom List...面板。到最后一行（即“Add”那一行），添加虚原子X。然后更改最后三列即X, Y, Z坐标为(-3.0, -4.0, -5.0)。点击Add按钮添加该X原子。

3. 将X原子平移到坐标原点：

方法同步骤1。

4. 删掉X原子。这是7号原子的坐标就是（3.0,4.0,5.0），且分子整体平移。
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Simpler, stronger, more tolerant
10楼2009-05-04 01:18:59
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普通回帖

shuikuliu

金虫 (小有名气)
★
loovfnd(金币+1,VIP+0):感谢你热心的回答！ 4-29 21:27
你用Gview试一下啊，从那里面可以调出坐标系来，应该可以定位吧
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闭门造车对搞科研是要不得的，虫友们多多交流啊
2楼2009-04-29 15:04:00
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pllyf2006

金虫 (著名写手)
2楼正解啊
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3楼2009-04-29 19:09:25
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loovfnd

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 4-30 13:36
弄几个虚原子吧，方便定位。
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莫强求！
4楼2009-04-29 19:14:54
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zjy1818

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by shuikuliu at 2009-4-29 15:04:
你用Gview试一下啊，从那里面可以调出坐标系来，应该可以定位吧

我知道Gview可以调出坐标，可是它只能改变一个原子位置，其他原子无法同时移动。 比如我有一个已经优化好的分子，然后我要将这个分子移到我要的精确坐标，难道我要一个一个算出来，一个一个原子输入？ 我知道鼠标可以移，但不精确！！！！！！
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5楼2009-04-30 17:38:55
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zjy1818

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by pllyf2006 at 2009-4-29 19:09:
2楼正解啊

6楼2009-04-30 17:40:30
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 5-5 08:29
引用回帖:
Originally posted by zjy1818 at 2009-4-30 17:38:


我知道Gview可以调出坐标，可是它只能改变一个原子位置，其他原子无法同时移动。 比如我有一个已经优化好的分子，然后我要将这个分子移到我要的精确坐标，难道我要一个一个算出来，一个一个原子输入？ 我知道 ...

高斯输出文件中的坐标都是以分子的重心为原点的(就是那个standard orientation)，因此你要把这个分子移动到某个点上，只需要把这个点的xyz坐标分别加到每个原子的xyz坐标上，这样分子的重心就落到了这个点上，分子结构是保持不变的。加的过程用excel就很容易实现的！

[ Last edited by hairan on 2009-5-4 at 19:12 ]
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
7楼2009-05-03 21:25:03
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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)
hairan厉害，学习了
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8楼2009-05-03 21:58:34
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虚谦

至尊木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-5 08:30
我感觉这个利用笛卡尔坐标就可以解决
7楼的朋友的办法可行
lz可以试试
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大家都说我是个好人，其实，我也是这么想的~！
9楼2009-05-03 22:49:02
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