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zjy1818

银虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】【求助】gaussian 原子定位问题！！！

gaussian 里是否可以设定一个原子的精确坐标，然后其他原子跟着一块动，而且保持原来构型，我知道鼠标可以，但鼠标无法精确定位，而如果一个个输入原子坐标太麻烦了

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1楼2009-04-29 13:03:05

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neweroica

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lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢欢迎常来 5-5 08:30

引用回帖:

Originally posted by zjy1818 at 2009-4-29 13:03:
gaussian 里是否可以设定一个原子的精确坐标，然后其他原子跟着一块动，而且保持原来构型，我知道鼠标可以，但鼠标无法精确定位，而如果一个个输入原子坐标太麻烦了

完全可以用GaussView实现，可以完美地将任何原子放到任意坐标上，且分子整体平移。

不过需要一些绝密技巧，一般人我不告诉他：

比如，你想把某个原子（比如7号原子）移到坐标为（3.0,4.0,5.0）的位置上，同时分子跟着一起动，则可以：

1. 将7号原子平移到坐标原点：

在GaussView中打开PBC面板，在Symmetry选项卡里，Lattice Dimesions下拉菜单选择Three（三维）。然后切换到Cell选项卡，点击Place按钮，在Moving下拉菜单中选择Whole Cell。然后用鼠标点击窗体中的7号原子。再回到PBC面板的Symmetry选项卡，将Lattice Dimesions下拉菜单选择为None。这是你可以看到7号原子已经被放到坐标原点上了。

2. 添加虚原子：

打开Atom List...面板。到最后一行（即“Add”那一行），添加虚原子X。然后更改最后三列即X, Y, Z坐标为(-3.0, -4.0, -5.0)。点击Add按钮添加该X原子。

3. 将X原子平移到坐标原点：

方法同步骤1。

4. 删掉X原子。这是7号原子的坐标就是（3.0,4.0,5.0），且分子整体平移。