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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请教VMD中的AutoPSF功能
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鲁智深的皮

铁虫 (小有名气)

[求助] 请教VMD中的AutoPSF功能

大佬们，我的粗粒化模型的pdb文件在用AutoPSF生成psf的时候chain的数量变多了怎么回事，原本只有169条链，现在变成了253条链，而且segment的名字也给我改了。。。请问有什么可以不修改chain数量的方法自动生成psf吗

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1楼 2018-12-08 17:54:34
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鲁智深的皮

铁虫 (小有名气)
我已经找到解决办法了，就是得自己添加链，不能用插件里的guess and split chains，这个可能切的不准确

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4楼2018-12-09 16:29:25
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peng660

新虫 (小有名气)
参考tutorial，用脚本做，细节就清楚了

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2楼2018-12-08 21:19:15
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鲁智深的皮

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by peng660 at 2018-12-08 21:19:15
参考tutorial，用脚本做，细节就清楚了

我是参考tutorial做的，Autopsf这个插件用不到脚本呀

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3楼2018-12-09 14:53:37
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