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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】求助——怎么设置CoMFA和CoMSIA的三维等势图的显示阈值

求助——怎么设置CoMFA和CoMSIA的三维等势图的显示阈值。
有些时候，我用默认的阈值设置，显示出来的等势图分布范围太大，不能准确的反应出所研究化合物基团对于活性贡献的性质。所以，我想请教一下，设置这个阈值有什么准则或者是技巧？我翻遍了手册都没有查到此类说明。
谢谢了。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:05 ]

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1楼 2009-04-27 16:59:51

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xuxm03

金虫 (小有名气)

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★ ★
杞实很简单(金币+2,VIP+0):嗯，谢谢你中肯的解答。的确，我用了FlexX来进行对接，由此来调节等势图。图并不重要，数据才重要。 4-28 11:36

引用回帖:

Originally posted by 杞实很简单 at 2009-4-28 09:01:

这怎么讲呢？随便怎么设都能达到自己想要的结果吗？那参数还有意义吗？

如果真的想有意义，结果可能并不如你想象中的那么好。譬如叠合，构象的选择，我们都是想用它实实在在起活性的那种构象去叠合，但是在实际操作中，可能为了某种结果把构象不停的变换。
比较合理的做法是结合着分子对接，加之分析活性位点的结构，以及打分方程中的各个作用的贡献值，去调整这个等势图。
这是我个人的建议，请指正批评。