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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求助——怎么设置CoMFA和CoMSIA的三维等势图的显示阈值

求助——怎么设置CoMFA和CoMSIA的三维等势图的显示阈值。
有些时候,我用默认的阈值设置,显示出来的等势图分布范围太大,不能准确的反应出所研究化合物基团对于活性贡献的性质。所以,我想请教一下,设置这个阈值有什么准则或者是技巧?我翻遍了手册都没有查到此类说明。
谢谢了。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:05 ]
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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by xuxm03 at 2009-4-27 21:39:
我总觉得,怎么设都能设到自己想要的结果

这怎么讲呢?随便怎么设都能达到自己想要的结果吗?那参数还有意义吗?
3楼2009-04-28 09:01:28
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xuxm03

金虫 (小有名气)


杞实很简单(金币+1):谢谢参与
我总觉得,怎么设都能设到自己想要的结果
2楼2009-04-27 21:39:14
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xuxm03

金虫 (小有名气)

★ ★
杞实很简单(金币+2,VIP+0):嗯,谢谢你中肯的解答。的确,我用了FlexX来进行对接,由此来调节等势图。图并不重要,数据才重要。 4-28 11:36
引用回帖:
Originally posted by 杞实很简单 at 2009-4-28 09:01:

这怎么讲呢?随便怎么设都能达到自己想要的结果吗?那参数还有意义吗?

如果真的想有意义,结果可能并不如你想象中的那么好。譬如叠合,构象的选择,我们都是想用它实实在在起活性的那种构象去叠合,但是在实际操作中,可能为了某种结果把构象不停的变换。
     比较合理的做法是结合着分子对接,加之分析活性位点的结构,以及打分方程中的各个作用的贡献值,去调整这个等势图。
    这是我个人的建议,请指正批评。
4楼2009-04-28 09:59:57
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