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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求一本书，专门介绍16s 测序极其结果处理
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秋天没有雨

新虫 (正式写手)

[求助] 求一本书，专门介绍16s 测序极其结果处理 已有1人参与

求一本书，专门介绍16s 测序极其结果处理
要是有这样的书就好了
求大神帮助
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1楼 2018-11-14 16:10:00
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生物小虫007

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小冀-: 金币+2, 鼓励回帖 2018-11-16 12:35:15
秋天没有雨: 金币+5, ★有帮助 2018-11-30 09:12:29
我们所说的16S 就是指 16S rDNA，所以，16S测序的大致逻辑就是：

拿到一个样品，我们捕获其16S区域（引物PCR），然后测序，16S既然有极好的保守性，那就可以用于鉴别不同的物种（相当于一个物种的独一无二的条形码）（有很大一部分是鉴定不到物种的）。

分析逻辑就是聚类成OTU，然后注释（比对已知数据库），后续分析。

Hiseq 的 16S分析流程已经比较成熟了，网上能搜到一些pipeline。

PacBio的 16S分析可参考文章：High-resolution phylogenetic microbial community profiling
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2楼2018-11-16 09:25:18
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秋天没有雨

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 生物小虫007 at 2018-11-16 09:25:18
我们所说的16S 就是指 16S rDNA，所以，16S测序的大致逻辑就是：

拿到一个样品，我们捕获其16S区域（引物PCR），然后测序，16S既然有极好的保守性，那就可以用于鉴别不同的物种（相当于一个物种的独一无二的条形 ...

谢谢您，我还想问一下有没有关pca分析结果说明的文献及参考书呢

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3楼2018-11-16 15:12:56
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